src/jalview/datamodel/Alignment.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.datamodel;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.util.*;\r
  24 \r
  25 import java.util.*;\r
  26 \r
  27 /** Data structure to hold and manipulate a multiple sequence alignment\r
  28  */\r
  29 public class Alignment implements AlignmentI\r
  30 {\r
  31     protected Alignment dataset;\r
  32     protected Vector sequences;\r
  33     protected Vector groups = new Vector();\r
  34     protected char gapCharacter = '-';\r
  35     protected int type = NUCLEOTIDE;\r
  36     public static final int PROTEIN = 0;\r
  37     public static final int NUCLEOTIDE = 1;\r
  38 \r
  39     /** DOCUMENT ME!! */\r
  40     public AlignmentAnnotation[] annotations;\r
  41 \r
  42     HiddenSequences hiddenSequences = new HiddenSequences(this);\r
  43 \r
  44 \r
  45     /** Make an alignment from an array of Sequences.\r
  46      *\r
  47      * @param sequences\r
  48      */\r
  49     public Alignment(SequenceI[] seqs)\r
  50     {\r
  51         int i=0;\r
  52 \r
  53         if( jalview.util.Comparison.isNucleotide(seqs))\r
  54           type = NUCLEOTIDE;\r
  55         else\r
  56           type = PROTEIN;\r
  57 \r
  58         sequences = new Vector();\r
  59 \r
  60         for (i = 0; i < seqs.length; i++)\r
  61         {\r
  62             sequences.addElement(seqs[i]);\r
  63         }\r
  64     }\r
  65 \r
  66     /**\r
  67      * DOCUMENT ME!\r
  68      *\r
  69      * @return DOCUMENT ME!\r
  70      */\r
  71     public Vector getSequences()\r
  72     {\r
  73         return sequences;\r
  74     }\r
  75 \r
  76     public SequenceI [] getSequencesArray()\r
  77     {\r
  78       SequenceI [] reply = new SequenceI[sequences.size()];\r
  79       for(int i=0; i<sequences.size(); i++)\r
  80       {\r
  81         reply[i] = (SequenceI)sequences.elementAt(i);\r
  82       }\r
  83       return reply;\r
  84     }\r
  85 \r
  86     /**\r
  87      * DOCUMENT ME!\r
  88      *\r
  89      * @param i DOCUMENT ME!\r
  90      *\r
  91      * @return DOCUMENT ME!\r
  92      */\r
  93     public SequenceI getSequenceAt(int i)\r
  94     {\r
  95         if (i < sequences.size())\r
  96         {\r
  97             return (SequenceI) sequences.elementAt(i);\r
  98         }\r
  99 \r
 100         return null;\r
 101     }\r
 102 \r
 103     /** Adds a sequence to the alignment.  Recalculates maxLength and size.\r
 104      *\r
 105      * @param snew\r
 106      */\r
 107     public void addSequence(SequenceI snew)\r
 108     {\r
 109       if(dataset!=null)\r
 110       {\r
 111         Sequence ds = new Sequence(snew.getName(),\r
 112                                    AlignSeq.extractGaps("-. ", snew.getSequence()),\r
 113                                    snew.getStart(),\r
 114                                    snew.getEnd());\r
 115 \r
 116         snew.setDatasetSequence(ds);\r
 117         getDataset().addSequence(ds);\r
 118       }\r
 119 \r
 120       sequences.addElement(snew);\r
 121     }\r
 122 \r
 123 \r
 124     /** Adds a sequence to the alignment.  Recalculates maxLength and size.\r
 125      *\r
 126      * @param snew\r
 127      */\r
 128     public void setSequenceAt(int i, SequenceI snew)\r
 129     {\r
 130         SequenceI oldseq = getSequenceAt(i);\r
 131         deleteSequence(oldseq);\r
 132 \r
 133         sequences.setElementAt(snew, i);\r
 134     }\r
 135 \r
 136     /**\r
 137      * DOCUMENT ME!\r
 138      *\r
 139      * @return DOCUMENT ME!\r
 140      */\r
 141     public Vector getGroups()\r
 142     {\r
 143         return groups;\r
 144     }\r
 145 \r
 146     /** Takes out columns consisting entirely of gaps (-,.," ")\r
 147      */\r
 148     public void removeGaps()\r
 149     {\r
 150         SequenceI current;\r
 151         int iSize = getWidth();\r
 152 \r
 153         for (int i = 0; i < iSize; i++)\r
 154         {\r
 155             boolean delete = true;\r
 156 \r
 157             for (int j = 0; j < getHeight(); j++)\r
 158             {\r
 159                 current = getSequenceAt(j);\r
 160 \r
 161                 if (current.getLength() > i)\r
 162                 {\r
 163                     /* MC Should move this to a method somewhere */\r
 164                     if (!jalview.util.Comparison.isGap(current.getCharAt(i)))\r
 165                     {\r
 166                         delete = false;\r
 167                     }\r
 168                 }\r
 169             }\r
 170 \r
 171             if (delete)\r
 172             {\r
 173                 deleteColumns(i, i);\r
 174                 iSize--;\r
 175                 i--;\r
 176             }\r
 177         }\r
 178     }\r
 179 \r
 180     /** Removes a range of columns (start to end inclusive).\r
 181      *\r
 182      * @param start Start column in the alignment\r
 183      * @param end End column in the alignment\r
 184      */\r
 185     public void deleteColumns(int start, int end)\r
 186     {\r
 187         deleteColumns(0, getHeight() - 1, start, end);\r
 188     }\r
 189 \r
 190     /**\r
 191      * DOCUMENT ME!\r
 192      *\r
 193      * @param seq1 DOCUMENT ME!\r
 194      * @param seq2 DOCUMENT ME!\r
 195      * @param start DOCUMENT ME!\r
 196      * @param end DOCUMENT ME!\r
 197      */\r
 198     public void deleteColumns(int seq1, int seq2, int start, int end)\r
 199     {\r
 200         for (int i = 0; i <= (end - start); i++)\r
 201         {\r
 202             for (int j = seq1; j <= seq2; j++)\r
 203             {\r
 204                 getSequenceAt(j).deleteCharAt(start);\r
 205             }\r
 206         }\r
 207     }\r
 208 \r
 209     /**\r
 210      * DOCUMENT ME!\r
 211      *\r
 212      * @param i DOCUMENT ME!\r
 213      */\r
 214     public void trimLeft(int i)\r
 215     {\r
 216         int j, jSize = getHeight();\r
 217         for (j = 0; j < jSize; j++)\r
 218         {\r
 219             SequenceI s = getSequenceAt(j);\r
 220             int newstart = s.findPosition(i);\r
 221 \r
 222             if(i>s.getLength())\r
 223             {\r
 224               sequences.removeElement(s);\r
 225               j--;\r
 226               jSize--;\r
 227             }\r
 228             else\r
 229             {\r
 230               s.setStart(newstart);\r
 231               s.setSequence(s.getSequence().substring(i));\r
 232             }\r
 233         }\r
 234     }\r
 235 \r
 236     /**\r
 237      * DOCUMENT ME!\r
 238      *\r
 239      * @param i DOCUMENT ME!\r
 240      */\r
 241     public void trimRight(int i)\r
 242     {\r
 243         for (int j = 0; j < getHeight(); j++)\r
 244         {\r
 245             SequenceI s = getSequenceAt(j);\r
 246             int newend = s.findPosition(i);\r
 247 \r
 248             s.setEnd(newend);\r
 249             if(s.getLength()>i)\r
 250               s.setSequence(s.getSequence().substring(0, i + 1));\r
 251         }\r
 252     }\r
 253 \r
 254     /**\r
 255      * DOCUMENT ME!\r
 256      *\r
 257      * @param s DOCUMENT ME!\r
 258      */\r
 259     public void deleteSequence(SequenceI s)\r
 260     {\r
 261         for (int i = 0; i < getHeight(); i++)\r
 262         {\r
 263             if (getSequenceAt(i) == s)\r
 264             {\r
 265                 deleteSequence(i);\r
 266             }\r
 267         }\r
 268     }\r
 269 \r
 270     /**\r
 271      * DOCUMENT ME!\r
 272      *\r
 273      * @param i DOCUMENT ME!\r
 274      */\r
 275     public void deleteSequence(int i)\r
 276     {\r
 277         sequences.removeElementAt(i);\r
 278     }\r
 279 \r
 280 \r
 281     /**    */\r
 282     public SequenceGroup findGroup(SequenceI s)\r
 283     {\r
 284         for (int i = 0; i < this.groups.size(); i++)\r
 285         {\r
 286             SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
 287 \r
 288             if (sg.getSequences(false).contains(s))\r
 289             {\r
 290                 return sg;\r
 291             }\r
 292         }\r
 293 \r
 294         return null;\r
 295     }\r
 296 \r
 297     /**\r
 298      * DOCUMENT ME!\r
 299      *\r
 300      * @param s DOCUMENT ME!\r
 301      *\r
 302      * @return DOCUMENT ME!\r
 303      */\r
 304     public SequenceGroup[] findAllGroups(SequenceI s)\r
 305     {\r
 306         Vector temp = new Vector();\r
 307 \r
 308         int gSize = groups.size();\r
 309         for (int i = 0; i < gSize; i++)\r
 310         {\r
 311             SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
 312             if(sg==null || sg.getSequences(false)==null)\r
 313             {\r
 314               this.deleteGroup(sg);\r
 315               gSize--;\r
 316               continue;\r
 317             }\r
 318 \r
 319             if (sg.getSequences(false).contains(s))\r
 320             {\r
 321                 temp.addElement(sg);\r
 322             }\r
 323         }\r
 324 \r
 325         SequenceGroup[] ret = new SequenceGroup[temp.size()];\r
 326 \r
 327         for (int i = 0; i < temp.size(); i++)\r
 328         {\r
 329             ret[i] = (SequenceGroup) temp.elementAt(i);\r
 330         }\r
 331 \r
 332         return ret;\r
 333     }\r
 334 \r
 335 \r
 336 \r
 337     /**    */\r
 338     public void addGroup(SequenceGroup sg)\r
 339     {\r
 340         if (!groups.contains(sg))\r
 341         {\r
 342             groups.addElement(sg);\r
 343         }\r
 344     }\r
 345 \r
 346     /**\r
 347      * DOCUMENT ME!\r
 348      */\r
 349     public void deleteAllGroups()\r
 350     {\r
 351         groups.removeAllElements();\r
 352 \r
 353         int i = 0;\r
 354 \r
 355         while (i < sequences.size())\r
 356         {\r
 357             SequenceI s = getSequenceAt(i);\r
 358             s.setColor(java.awt.Color.white);\r
 359             i++;\r
 360         }\r
 361     }\r
 362 \r
 363     /**    */\r
 364     public void deleteGroup(SequenceGroup g)\r
 365     {\r
 366         if (groups.contains(g))\r
 367         {\r
 368             groups.removeElement(g);\r
 369         }\r
 370     }\r
 371 \r
 372     /**    */\r
 373     public SequenceI findName(String name)\r
 374     {\r
 375         int i = 0;\r
 376 \r
 377         while (i < sequences.size())\r
 378         {\r
 379             if (getSequenceAt(i).getName().equals(name))\r
 380             {\r
 381                 return getSequenceAt(i);\r
 382             }\r
 383 \r
 384             i++;\r
 385         }\r
 386 \r
 387         return null;\r
 388     }\r
 389 \r
 390 \r
 391     /**    */\r
 392     public int findIndex(SequenceI s)\r
 393     {\r
 394         int i = 0;\r
 395 \r
 396         while (i < sequences.size())\r
 397         {\r
 398             if (s == getSequenceAt(i))\r
 399             {\r
 400                 return i;\r
 401             }\r
 402 \r
 403             i++;\r
 404         }\r
 405 \r
 406         return -1;\r
 407     }\r
 408 \r
 409     /**\r
 410      * DOCUMENT ME!\r
 411      *\r
 412      * @return DOCUMENT ME!\r
 413      */\r
 414     public int getHeight()\r
 415     {\r
 416         return sequences.size();\r
 417     }\r
 418 \r
 419     /**\r
 420      * DOCUMENT ME!\r
 421      *\r
 422      * @return DOCUMENT ME!\r
 423      */\r
 424     public int getWidth()\r
 425     {\r
 426         int maxLength = -1;\r
 427 \r
 428         for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)\r
 429         {\r
 430             if (getSequenceAt(i).getLength() > maxLength)\r
 431             {\r
 432                 maxLength = getSequenceAt(i).getLength();\r
 433             }\r
 434         }\r
 435 \r
 436         return maxLength;\r
 437     }\r
 438 \r
 439     /**\r
 440      * DOCUMENT ME!\r
 441      *\r
 442      * @return DOCUMENT ME!\r
 443      */\r
 444     public int getMaxIdLength()\r
 445     {\r
 446         int max = 0;\r
 447         int i = 0;\r
 448 \r
 449         while (i < sequences.size())\r
 450         {\r
 451             SequenceI seq = getSequenceAt(i);\r
 452             String tmp = seq.getName() + "/" + seq.getStart() + "-" +\r
 453                 seq.getEnd();\r
 454 \r
 455             if (tmp.length() > max)\r
 456             {\r
 457                 max = tmp.length();\r
 458             }\r
 459 \r
 460             i++;\r
 461         }\r
 462 \r
 463         return max;\r
 464     }\r
 465 \r
 466     /**\r
 467      * DOCUMENT ME!\r
 468      *\r
 469      * @param gc DOCUMENT ME!\r
 470      */\r
 471     public void setGapCharacter(char gc)\r
 472     {\r
 473         gapCharacter = gc;\r
 474 \r
 475         for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)\r
 476         {\r
 477             Sequence seq = (Sequence) sequences.elementAt(i);\r
 478             seq.sequence = seq.sequence.replace('.', gc);\r
 479             seq.sequence = seq.sequence.replace('-', gc);\r
 480             seq.sequence = seq.sequence.replace(' ', gc);\r
 481         }\r
 482     }\r
 483 \r
 484     /**\r
 485      * DOCUMENT ME!\r
 486      *\r
 487      * @return DOCUMENT ME!\r
 488      */\r
 489     public char getGapCharacter()\r
 490     {\r
 491         return gapCharacter;\r
 492     }\r
 493 \r
 494     /**\r
 495      * DOCUMENT ME!\r
 496      *\r
 497      * @return DOCUMENT ME!\r
 498      */\r
 499     public Vector getAAFrequency()\r
 500     {\r
 501         return AAFrequency.calculate(sequences, 0, getWidth());\r
 502     }\r
 503 \r
 504     /**\r
 505      * DOCUMENT ME!\r
 506      *\r
 507      * @return DOCUMENT ME!\r
 508      */\r
 509     public boolean isAligned()\r
 510     {\r
 511         int width = getWidth();\r
 512 \r
 513         for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)\r
 514         {\r
 515             if (getSequenceAt(i).getLength() != width)\r
 516             {\r
 517                 return false;\r
 518             }\r
 519         }\r
 520 \r
 521         return true;\r
 522     }\r
 523 \r
 524     /**\r
 525      * DOCUMENT ME!\r
 526      *\r
 527      * @param aa DOCUMENT ME!\r
 528      */\r
 529     public void deleteAnnotation(AlignmentAnnotation aa)\r
 530     {\r
 531         int aSize = 1;\r
 532 \r
 533         if (annotations != null)\r
 534         {\r
 535             aSize = annotations.length;\r
 536         }\r
 537 \r
 538         AlignmentAnnotation[] temp = new AlignmentAnnotation[aSize - 1];\r
 539 \r
 540         int tIndex = 0;\r
 541 \r
 542         for (int i = 0; i < aSize; i++)\r
 543         {\r
 544             if (annotations[i] == aa)\r
 545             {\r
 546                 continue;\r
 547             }\r
 548 \r
 549             temp[tIndex] = annotations[i];\r
 550             tIndex++;\r
 551         }\r
 552 \r
 553         annotations = temp;\r
 554     }\r
 555 \r
 556 \r
 557     public void adjustSequenceAnnotations()\r
 558     {\r
 559       if(annotations!=null)\r
 560       {\r
 561         for (int a = 0; a < annotations.length; a++)\r
 562         {\r
 563           if (annotations[a].sequenceRef != null)\r
 564           {\r
 565             annotations[a].adjustForAlignment();\r
 566           }\r
 567         }\r
 568       }\r
 569     }\r
 570 \r
 571     /**\r
 572      * DOCUMENT ME!\r
 573      *\r
 574      * @param aa DOCUMENT ME!\r
 575      */\r
 576     public void addAnnotation(AlignmentAnnotation aa)\r
 577     {\r
 578         int aSize = 1;\r
 579         if (annotations != null)\r
 580         {\r
 581             aSize = annotations.length + 1;\r
 582         }\r
 583 \r
 584         AlignmentAnnotation[] temp = new AlignmentAnnotation[aSize];\r
 585 \r
 586         temp[aSize-1] = aa;\r
 587 \r
 588         int i = 0;\r
 589 \r
 590         if (aSize > 1)\r
 591         {\r
 592             for (i = 0; i < (aSize-1); i++)\r
 593             {\r
 594                 temp[i] = annotations[i];\r
 595             }\r
 596         }\r
 597 \r
 598         annotations = temp;\r
 599     }\r
 600 \r
 601     public void setAnnotationIndex(AlignmentAnnotation aa, int index)\r
 602     {\r
 603       if(aa==null || annotations==null || annotations.length-1<index)\r
 604         return;\r
 605 \r
 606       int aSize = annotations.length;\r
 607       AlignmentAnnotation[] temp = new AlignmentAnnotation[aSize];\r
 608 \r
 609       temp[index] = aa;\r
 610 \r
 611       for (int i = 0; i < aSize; i++)\r
 612       {\r
 613         if(i==index)\r
 614           continue;\r
 615 \r
 616         if(i<index)\r
 617           temp[i] = annotations[i];\r
 618         else\r
 619           temp[i] = annotations[i-1];\r
 620       }\r
 621 \r
 622         annotations = temp;\r
 623     }\r
 624 \r
 625     /**\r
 626      * DOCUMENT ME!\r
 627      *\r
 628      * @return DOCUMENT ME!\r
 629      */\r
 630     public AlignmentAnnotation[] getAlignmentAnnotation()\r
 631     {\r
 632         return annotations;\r
 633     }\r
 634 \r
 635     public void setNucleotide(boolean b)\r
 636     {\r
 637       if(b)\r
 638         type = NUCLEOTIDE;\r
 639       else\r
 640         type = PROTEIN;\r
 641     }\r
 642 \r
 643     public boolean isNucleotide()\r
 644     {\r
 645       if(type==NUCLEOTIDE)\r
 646         return true;\r
 647       else\r
 648         return false;\r
 649     }\r
 650 \r
 651     public void setDataset(Alignment data)\r
 652     {\r
 653       if(dataset==null && data==null)\r
 654       {\r
 655         // Create a new dataset for this alignment.\r
 656         // Can only be done once, if dataset is not null\r
 657         // This will not be performed\r
 658         Sequence[] seqs = new Sequence[getHeight()];\r
 659         for (int i = 0; i < getHeight(); i++)\r
 660         {\r
 661 \r
 662           seqs[i] = new Sequence(getSequenceAt(i).getName(),\r
 663                                  AlignSeq.extractGaps(\r
 664                                      jalview.util.Comparison.GapChars,\r
 665                                      getSequenceAt(i).getSequence()\r
 666                                  ),\r
 667                                  getSequenceAt(i).getStart(),\r
 668                                  getSequenceAt(i).getEnd());\r
 669 \r
 670           getSequenceAt(i).setDatasetSequence(seqs[i]);\r
 671         }\r
 672 \r
 673         dataset = new Alignment(seqs);\r
 674       }\r
 675       else if(dataset==null && data!=null)\r
 676       {\r
 677         dataset = data;\r
 678       }\r
 679     }\r
 680 \r
 681     public Alignment getDataset()\r
 682     {\r
 683       return dataset;\r
 684     }\r
 685 \r
 686     public boolean padGaps() {\r
 687       boolean modified=false;\r
 688 \r
 689       //Remove excess gaps from the end of alignment\r
 690       int maxLength = -1;\r
 691 \r
 692       SequenceI current;\r
 693       for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)\r
 694       {\r
 695         current = getSequenceAt(i);\r
 696         for (int j = current.getLength(); j > maxLength; j--)\r
 697         {\r
 698           if (j > maxLength && !jalview.util.Comparison.isGap(\r
 699               current.getCharAt(j)))\r
 700           {\r
 701             maxLength = j;\r
 702             break;\r
 703           }\r
 704         }\r
 705       }\r
 706 \r
 707       maxLength++;\r
 708 \r
 709       for (int i = 0; i < sequences.size();\r
 710            i++)\r
 711       {\r
 712         current = getSequenceAt(i);\r
 713 \r
 714         if (current.getLength() < maxLength)\r
 715         {\r
 716           current.insertCharAt(maxLength - 1, gapCharacter);\r
 717           modified=true;\r
 718         }\r
 719         else if(current.getLength() > maxLength)\r
 720         {\r
 721           current.deleteChars(maxLength, current.getLength());\r
 722         }\r
 723       }\r
 724       return modified;\r
 725     }\r
 726 \r
 727     public HiddenSequences getHiddenSequences()\r
 728     {\r
 729       return hiddenSequences;\r
 730     }\r
 731 \r
 732 }\r