src/jalview/datamodel/AlignmentAnnotation.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.datamodel;\r
  20 \r
  21 public class AlignmentAnnotation {\r
  22     public String label;\r
  23     public String description;\r
  24     public Annotation[] annotations;\r
  25     public boolean isGraph = false;\r
  26     public float graphMin;\r
  27     public float graphMax;\r
  28     public int windowLength;\r
  29 \r
  30     // Graphical hints and tips\r
  31     public boolean editable = false;\r
  32     public boolean hasIcons; //\r
  33     public boolean hasText;\r
  34     public boolean visible = true;\r
  35     public int height = 0;\r
  36 \r
  37     public AlignmentAnnotation(String label, String description,\r
  38         Annotation[] annotations) {\r
  39         // always editable?\r
  40         editable = true;\r
  41         this.label = label;\r
  42         this.description = description;\r
  43         this.annotations = annotations;\r
  44 \r
  45         for (int i = 0; i < annotations.length; i++) {\r
  46             if ((annotations[i] != null) &&\r
  47                     ((annotations[i].secondaryStructure == 'H') ||\r
  48                     (annotations[i].secondaryStructure == 'E'))) {\r
  49                 hasIcons = true;\r
  50             }\r
  51 \r
  52             if ((annotations[i] != null) &&\r
  53                     (annotations[i].displayCharacter.length() > 0)) {\r
  54                 hasText = true;\r
  55             }\r
  56         }\r
  57     }\r
  58 \r
  59     public AlignmentAnnotation(String label, String description,\r
  60         Annotation[] annotations, float min, float max, int winLength) {\r
  61         // graphs are not editable\r
  62         this.label = label;\r
  63         this.description = description;\r
  64         this.annotations = annotations;\r
  65         isGraph = true;\r
  66 \r
  67         if (min == max) {\r
  68             for (int i = 0; i < annotations.length; i++) {\r
  69                 if (annotations[i] == null) {\r
  70                     continue;\r
  71                 }\r
  72 \r
  73                 if (annotations[i].value > max) {\r
  74                     max = annotations[i].value;\r
  75                 }\r
  76 \r
  77                 if (annotations[i].value < min) {\r
  78                     min = annotations[i].value;\r
  79                 }\r
  80             }\r
  81         }\r
  82 \r
  83         graphMin = min;\r
  84         graphMax = max;\r
  85         windowLength = winLength;\r
  86 \r
  87         for (int i = 0; i < annotations.length; i++) {\r
  88             if ((annotations[i] != null) &&\r
  89                     ((annotations[i].secondaryStructure == 'H') ||\r
  90                     (annotations[i].secondaryStructure == 'E'))) {\r
  91                 hasIcons = true;\r
  92             }\r
  93 \r
  94             if ((annotations[i] != null) &&\r
  95                     (annotations[i].displayCharacter.length() > 0)) {\r
  96                 hasText = true;\r
  97             }\r
  98         }\r
  99     }\r
 100 \r
 101     public String toString() {\r
 102         StringBuffer buffer = new StringBuffer();\r
 103 \r
 104         for (int i = 0; i < annotations.length; i++) {\r
 105             if (annotations[i] != null) {\r
 106                 if (isGraph) {\r
 107                     buffer.append(annotations[i].value);\r
 108                 } else if (hasIcons) {\r
 109                     buffer.append(annotations[i].secondaryStructure);\r
 110                 } else {\r
 111                     buffer.append(annotations[i].displayCharacter);\r
 112                 }\r
 113             }\r
 114 \r
 115             buffer.append(", ");\r
 116         }\r
 117 \r
 118         if (label.equals("Consensus")) {\r
 119             buffer.append("\n");\r
 120 \r
 121             for (int i = 0; i < annotations.length; i++) {\r
 122                 if (annotations[i] != null) {\r
 123                     buffer.append(annotations[i].description);\r
 124                 }\r
 125 \r
 126                 buffer.append(", ");\r
 127             }\r
 128         }\r
 129 \r
 130         return buffer.toString();\r
 131     }\r
 132 }\r