src/jalview/datamodel/AlignmentAnnotation.java

   1 package jalview.datamodel;\r
   2 \r
   3 public class AlignmentAnnotation\r
   4 {\r
   5   public String label;\r
   6   public String description;\r
   7   public Annotation  [] annotations;\r
   8   public boolean isGraph = false;\r
   9   public float graphMin, graphMax;\r
  10   public int windowLength;\r
  11 \r
  12   // Graphical hints and tips\r
  13   public boolean editable = false;\r
  14   public boolean hasIcons; //\r
  15   public boolean hasText;\r
  16   public boolean visible = true;\r
  17   public int height=0;\r
  18 \r
  19   public AlignmentAnnotation(String label, String description, Annotation [] annotations)\r
  20   {\r
  21     // always editable?\r
  22     editable = true;\r
  23     this.label = label;\r
  24     this.description = description;\r
  25     this.annotations = annotations;\r
  26     for(int i=0; i<annotations.length; i++)\r
  27     {\r
  28       if (annotations[i]!=null &&(\r
  29           annotations[i].secondaryStructure == 'H' ||\r
  30           annotations[i].secondaryStructure == 'E'))\r
  31         hasIcons = true;\r
  32 \r
  33       if (annotations[i]!=null && annotations[i].displayCharacter.length()>0)\r
  34         hasText = true;\r
  35     }\r
  36   }\r
  37 \r
  38   public AlignmentAnnotation(String label, String description, Annotation [] annotations, float min, float max, int winLength)\r
  39   {\r
  40     // graphs are not editable\r
  41     this.label = label;\r
  42     this.description = description;\r
  43     this.annotations = annotations;\r
  44     isGraph = true;\r
  45     if(min==max)\r
  46     {\r
  47       for(int i=0; i<annotations.length; i++)\r
  48       {\r
  49         if(annotations[i]==null)\r
  50           continue;\r
  51         if(annotations[i].value>max)\r
  52           max = annotations[i].value;\r
  53         if(annotations[i].value<min)\r
  54           min = annotations[i].value;\r
  55       }\r
  56     }\r
  57 \r
  58     graphMin = min;\r
  59     graphMax = max;\r
  60     windowLength = winLength;\r
  61     for(int i=0; i<annotations.length; i++)\r
  62     {\r
  63       if (annotations[i]!=null &&(\r
  64           annotations[i].secondaryStructure == 'H' ||\r
  65           annotations[i].secondaryStructure == 'E'))\r
  66         hasIcons = true;\r
  67 \r
  68       if (annotations[i]!=null && annotations[i].displayCharacter.length()>0)\r
  69         hasText = true;\r
  70     }\r
  71   }\r
  72 \r
  73   public String toString()\r
  74   {\r
  75     StringBuffer buffer = new StringBuffer();\r
  76     for(int i=0; i<annotations.length; i++)\r
  77    {\r
  78      if(annotations[i]!=null)\r
  79      {\r
  80        if(isGraph)\r
  81          buffer.append(annotations[i].value);\r
  82        else if(hasIcons)\r
  83          buffer.append(annotations[i].secondaryStructure);\r
  84        else\r
  85          buffer.append(annotations[i].displayCharacter);\r
  86 \r
  87      }\r
  88      buffer.append(", ");\r
  89    }\r
  90    if(label.equals("Consensus"))\r
  91    {\r
  92      buffer.append("\n");\r
  93      for (int i = 0; i < annotations.length; i++)\r
  94      {\r
  95        if (annotations[i] != null)\r
  96            buffer.append(annotations[i].description);\r
  97        buffer.append(", ");\r
  98      }\r
  99    }\r
 100    return buffer.toString();\r
 101   }\r
 102 \r
 103 }\r