JAL-3541 removed clover report generation debug flag (utf-8 encoding enforcement...
[jalview.git] / src / jalview / datamodel / AlignmentExportData.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
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8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
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14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.datamodel;
22
23 import jalview.api.AlignExportSettingI;
24
25 public class AlignmentExportData
26 {
27   private AlignmentI alignment;
28
29   private String[] omitHidden;
30
31   private int[] startEnd;
32
33   private AlignExportSettingI settings;
34
35   public AlignmentExportData(AlignmentI align, String[] ommit,
36           int[] startEnd, AlignExportSettingI settings)
37   {
38     this.alignment = align;
39     this.omitHidden = ommit;
40     this.startEnd = startEnd;
41     this.settings = settings;
42   }
43
44   public AlignmentI getAlignment()
45   {
46     return alignment;
47   }
48
49   public void setAlignment(AlignmentI alignment)
50   {
51     this.alignment = alignment;
52   }
53
54   public String[] getOmitHidden()
55   {
56     return omitHidden;
57   }
58
59   public void setOmitHidden(String[] omitHidden)
60   {
61     this.omitHidden = omitHidden;
62   }
63
64   public int[] getStartEndPostions()
65   {
66     return startEnd;
67   }
68
69   public void setStartEndPostions(int[] startEnd)
70   {
71     this.startEnd = startEnd;
72   }
73
74   public AlignExportSettingI getSettings()
75   {
76     return settings;
77   }
78
79   public void setSettings(AlignExportSettingI settings)
80   {
81     this.settings = settings;
82   }
83 }