Merge branch 'JAL-3878_ws-overhaul-3' into with_ws_overhaul-3
[jalview.git] / src / jalview / datamodel / AlignmentExportData.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.datamodel;
22
23 public class AlignmentExportData
24 {
25   private AlignmentI alignment;
26
27   private String[] omitHidden;
28
29   private int[] startEnd;
30
31   public AlignmentExportData(AlignmentI align, String[] ommit,
32           int[] startEnd)
33   {
34     this.alignment = align;
35     this.omitHidden = ommit;
36     this.startEnd = startEnd;
37   }
38
39   public AlignmentI getAlignment()
40   {
41     return alignment;
42   }
43
44   public void setAlignment(AlignmentI alignment)
45   {
46     this.alignment = alignment;
47   }
48
49   public String[] getOmitHidden()
50   {
51     return omitHidden;
52   }
53
54   public void setOmitHidden(String[] omitHidden)
55   {
56     this.omitHidden = omitHidden;
57   }
58
59   public int[] getStartEndPostions()
60   {
61     return startEnd;
62   }
63
64   public void setStartEndPostions(int[] startEnd)
65   {
66     this.startEnd = startEnd;
67   }
68 }