src/jalview/datamodel/AlignmentI.java

   1 package jalview.datamodel;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.*;\r
   4 import java.util.*;\r
   5 \r
   6 /** Data structure to hold and manipulate a multiple sequence alignment\r
   7  */\r
   8 public interface AlignmentI {\r
   9 \r
  10   public int         getHeight() ;\r
  11   public int         getWidth() ;\r
  12   public int         getMaxIdLength() ;\r
  13 \r
  14   public Vector      getSequences();\r
  15   public SequenceI   getSequenceAt(int i);\r
  16 \r
  17   public void        addSequence(SequenceI seq) ;\r
  18   public void        setSequenceAt(int i,SequenceI seq);\r
  19 \r
  20   public void        deleteSequence(SequenceI s) ;\r
  21   public void        deleteSequence(int i) ;\r
  22 \r
  23   public SequenceI[] getColumns(int start, int end) ;\r
  24   public SequenceI[] getColumns(int seq1, int seq2, int start, int end) ;\r
  25 \r
  26   public void        deleteColumns(int start, int end) ;\r
  27   public void        deleteColumns(int seq1, int seq2, int start, int end) ;\r
  28 \r
  29   public void        insertColumns(SequenceI[] seqs, int pos) ;\r
  30 \r
  31   public SequenceI   findName(String name) ;\r
  32   public int         findIndex(SequenceI s) ;\r
  33 \r
  34   // Modifying\r
  35   public void        trimLeft(int i) ;\r
  36   public void        trimRight(int i) ;\r
  37 \r
  38   public void        removeGaps() ;\r
  39   public Vector      removeRedundancy(float threshold, Vector sel) ;\r
  40 \r
  41 \r
  42   // Grouping methods\r
  43   public SequenceGroup findGroup(int i) ;\r
  44   public SequenceGroup findGroup(SequenceI s) ;\r
  45   public void          addToGroup(SequenceGroup g, SequenceI s) ;\r
  46   public void          removeFromGroup(SequenceGroup g,SequenceI s) ;\r
  47   public void          addGroup(SequenceGroup sg) ;\r
  48   public SequenceGroup addGroup() ;\r
  49   public void          deleteGroup(SequenceGroup g) ;\r
  50   public Vector        getGroups();\r
  51 \r
  52   // Sorting\r
  53   public void          sortGroups() ;\r
  54   public void          sortByPID(SequenceI s) ;\r
  55   public void          sortByID() ;\r
  56 \r
  57   public void          setGapCharacter(String gc);\r
  58   public String        getGapCharacter();\r
  59 \r
  60     public Vector        getAAFrequency();\r
  61 }\r
  62 \r
  63 \r
  64 \r