src/jalview/datamodel/AlignmentI.java

   1 package jalview.datamodel;\r
   2 \r
   3 import java.util.*;\r
   4 \r
   5 /** Data structure to hold and manipulate a multiple sequence alignment\r
   6  */\r
   7 public interface AlignmentI {\r
   8 \r
   9   public int         getHeight() ;\r
  10   public int         getWidth() ;\r
  11   public int         getMaxIdLength() ;\r
  12 \r
  13   public boolean isAligned();\r
  14 \r
  15   public Vector      getSequences();\r
  16   public SequenceI   getSequenceAt(int i);\r
  17 \r
  18   public void        addSequence(SequenceI seq) ;\r
  19   public void        setSequenceAt(int i,SequenceI seq);\r
  20 \r
  21   public void        deleteSequence(SequenceI s) ;\r
  22   public void        deleteSequence(int i) ;\r
  23 \r
  24   public SequenceI[] getColumns(int start, int end) ;\r
  25   public SequenceI[] getColumns(int seq1, int seq2, int start, int end) ;\r
  26 \r
  27   public void        deleteColumns(int start, int end) ;\r
  28   public void        deleteColumns(int seq1, int seq2, int start, int end) ;\r
  29 \r
  30   public void        insertColumns(SequenceI[] seqs, int pos) ;\r
  31 \r
  32   public SequenceI   findName(String name) ;\r
  33   public SequenceI   findbyDisplayId(String name);\r
  34 \r
  35   public int         findIndex(SequenceI s) ;\r
  36 \r
  37   // Modifying\r
  38   public void        trimLeft(int i) ;\r
  39   public void        trimRight(int i) ;\r
  40 \r
  41   public void        removeGaps() ;\r
  42   public Vector      removeRedundancy(float threshold, Vector sel) ;\r
  43 \r
  44 \r
  45   // Grouping methods\r
  46   public SequenceGroup findGroup(int i) ;\r
  47   public SequenceGroup findGroup(SequenceI s) ;\r
  48   public SequenceGroup [] findAllGroups(SequenceI s);\r
  49   public void          addToGroup(SequenceGroup g, SequenceI s) ;\r
  50   public void          removeFromGroup(SequenceGroup g,SequenceI s) ;\r
  51   public void          addGroup(SequenceGroup sg) ;\r
  52   public void          deleteGroup(SequenceGroup g) ;\r
  53   public Vector        getGroups();\r
  54   public void deleteAllGroups();\r
  55 \r
  56   public void          addSuperGroup(SuperGroup sg);\r
  57   public void          removeSuperGroup(SuperGroup sg);\r
  58   public SuperGroup    getSuperGroup(SequenceGroup sg);\r
  59 \r
  60   // Sorting\r
  61   public void          sortGroups() ;\r
  62   public void          sortByPID(SequenceI s) ;\r
  63   public void          sortByID() ;\r
  64 \r
  65   //Annotations\r
  66   public void addAnnotation(AlignmentAnnotation aa);\r
  67   public void deleteAnnotation(AlignmentAnnotation aa);\r
  68   public AlignmentAnnotation [] getAlignmentAnnotation();\r
  69 \r
  70   public void          setGapCharacter(char gc);\r
  71   public char          getGapCharacter();\r
  72 \r
  73   public Vector        getAAFrequency();\r
  74 }\r
  75 \r
  76 \r
  77 \r