src/jalview/datamodel/AlignmentView.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 /**
   4  * <p>Title: </p>
   5  *
   6  * <p>Description: </p>
   7  *
   8  * <p>Copyright: Copyright (c) 2004</p>
   9  *
  10  * <p>Company: Dundee University</p>
  11  *
  12  * @author not attributable
  13  * @version 1.0
  14  */
  15 public class AlignmentView
  16 {
  17     /**
  18      * Transient object compactly representing a 'view' of an alignment - with discontinuities marked.
  19      */
  20     private SeqCigar[] sequences = null;
  21   private int[] contigs = null;
  22   public AlignmentView(CigarArray seqcigararray)
  23   {
  24     if (!seqcigararray.isSeqCigarArray())
  25       throw new Error("Implementation Error - can only make an alignment view from a CigarArray of sequences.");
  26     contigs = seqcigararray.applyDeletions();
  27     sequences = seqcigararray.getSeqCigarArray();
  28   }
  29
  30   public void setSequences(SeqCigar[] sequences)
  31   {
  32     this.sequences = sequences;
  33   }
  34
  35   public void setContigs(int[] contigs)
  36   {
  37     this.contigs = contigs;
  38   }
  39
  40   public SeqCigar[] getSequences()
  41   {
  42     return sequences;
  43   }
  44
  45   public int[] getContigs()
  46   {
  47     return contigs;
  48   }
  49   public Object[] getAlignmentAndColumnSelection(char gapCharacter) {
  50     ColumnSelection colsel = new ColumnSelection();
  51
  52     return new Object[] { SeqCigar.createAlignmentSequences(sequences, gapCharacter, colsel), colsel};
  53   }
  54   /**
  55    * getSequenceStrings
  56    *
  57    * @param c char
  58    * @return String[]
  59    */
  60   public String[] getSequenceStrings(char c)
  61   {
  62     String[] seqs=new String[sequences.length];
  63     for (int n=0; n<sequences.length; n++) {
  64       seqs[n] = sequences[n].getSequenceString(c);
  65     }
  66     return seqs;
  67   }
  68 }