src/jalview/datamodel/AlignmentView.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 /**
   4  * <p>Title: </p>
   5  *
   6  * <p>Description: </p>
   7  *
   8  * <p>Copyright: Copyright (c) 2004</p>
   9  *
  10  * <p>Company: Dundee University</p>
  11  *
  12  * @author not attributable
  13  * @version 1.0
  14  */
  15 public class AlignmentView
  16 {
  17     /**
  18      * Transient object compactly representing a 'view' of an alignment - with discontinuities marked.
  19      */
  20     private SeqCigar[] sequences = null;
  21   private int[] contigs = null;
  22   private int width=0;
  23   public AlignmentView(CigarArray seqcigararray)
  24   {
  25     if (!seqcigararray.isSeqCigarArray())
  26       throw new Error("Implementation Error - can only make an alignment view from a CigarArray of sequences.");
  27     //contigs = seqcigararray.applyDeletions();
  28     contigs = seqcigararray.getDeletedRegions();
  29     sequences = seqcigararray.getSeqCigarArray();
  30     width = seqcigararray.getWidth(); // visible width
  31   }
  32
  33   public void setSequences(SeqCigar[] sequences)
  34   {
  35     this.sequences = sequences;
  36   }
  37
  38   public void setContigs(int[] contigs)
  39   {
  40     this.contigs = contigs;
  41   }
  42
  43   public SeqCigar[] getSequences()
  44   {
  45     return sequences;
  46   }
  47
  48   public int[] getContigs()
  49   {
  50     return contigs;
  51   }
  52   public Object[] getAlignmentAndColumnSelection(char gapCharacter) {
  53     ColumnSelection colsel = new ColumnSelection();
  54
  55     return new Object[] { SeqCigar.createAlignmentSequences(sequences, gapCharacter, colsel, contigs), colsel};
  56   }
  57   /**
  58    * getSequenceStrings
  59    *
  60    * @param c char
  61    * @return String[]
  62    */
  63   public String[] getSequenceStrings(char c)
  64   {
  65     String[] seqs=new String[sequences.length];
  66     for (int n=0; n<sequences.length; n++) {
  67       seqs[n] = sequences[n].getSequenceString(c);
  68     }
  69     return seqs;
  70   }
  71   /**
  72    *
  73    * @return visible number of columns in alignment view
  74    */
  75   public int getWidth() {
  76     return width;
  77   }
  78
  79   protected void setWidth(int width) {
  80     this.width = width;
  81   }
  82
  83 }