src/jalview/datamodel/AllRowsCollection.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentRowsCollectionI;
  24
  25 import java.util.Iterator;
  26
  27 public class AllRowsCollection implements AlignmentRowsCollectionI
  28 {
  29   int start;
  30
  31   int end;
  32
  33   AlignmentI alignment;
  34
  35   HiddenSequences hidden;
  36
  37   public AllRowsCollection(int s, int e, AlignmentI al)
  38   {
  39     start = s;
  40     end = e;
  41     alignment = al;
  42     hidden = al.getHiddenSequences();
  43   }
  44
  45   @Override
  46   public Iterator<Integer> iterator()
  47   {
  48     return new AllRowsIterator(start, end, alignment);
  49   }
  50
  51   @Override
  52   public boolean isHidden(int seq)
  53   {
  54     return hidden.isHidden(seq);
  55   }
  56
  57   @Override
  58   public SequenceI getSequence(int seq)
  59   {
  60     return alignment.getSequenceAtAbsoluteIndex(seq);
  61   }
  62
  63   @Override
  64   public boolean hasHidden()
  65   {
  66     return (hidden.getSize() > 0);
  67   }
  68 }