JAL-3541 removed clover report generation debug flag (utf-8 encoding enforcement...
[jalview.git] / src / jalview / datamodel / AllRowsCollection.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
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8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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11  *  
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14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.datamodel;
22
23 import jalview.api.AlignmentRowsCollectionI;
24
25 import java.util.Iterator;
26
27 public class AllRowsCollection implements AlignmentRowsCollectionI
28 {
29   int start;
30
31   int end;
32
33   AlignmentI alignment;
34
35   HiddenSequences hidden;
36
37   public AllRowsCollection(int s, int e, AlignmentI al)
38   {
39     start = s;
40     end = e;
41     alignment = al;
42     hidden = al.getHiddenSequences();
43   }
44
45   @Override
46   public Iterator<Integer> iterator()
47   {
48     return new AllRowsIterator(start, end, alignment);
49   }
50
51   @Override
52   public boolean isHidden(int seq)
53   {
54     return hidden.isHidden(seq);
55   }
56
57   @Override
58   public SequenceI getSequence(int seq)
59   {
60     return alignment.getSequenceAtAbsoluteIndex(seq);
61   }
62
63   @Override
64   public boolean hasHidden()
65   {
66     return (hidden.getSize() > 0);
67   }
68 }