src/jalview/datamodel/AllRowsIterator.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import java.util.Iterator;
  24 import java.util.NoSuchElementException;
  25
  26 /**
  27  * An iterator which iterates over all columns or rows in an alignment, whether
  28  * hidden or visible.
  29  *
  30  * @author kmourao
  31  *
  32  */
  33 public class AllRowsIterator implements Iterator<Integer>
  34 {
  35   private int last;
  36
  37   private int next;
  38
  39   private int current;
  40
  41   private AlignmentI al;
  42
  43   public AllRowsIterator(int firstrow, int lastrow, AlignmentI alignment)
  44   {
  45     last = lastrow;
  46     current = firstrow;
  47     next = firstrow;
  48     al = alignment;
  49   }
  50
  51   @Override
  52   public boolean hasNext()
  53   {
  54     return next <= last;
  55   }
  56
  57   @Override
  58   public Integer next()
  59   {
  60     if (next > last)
  61     {
  62       throw new NoSuchElementException();
  63     }
  64     current = next;
  65     next++;
  66
  67     return current;
  68   }
  69
  70   @Override
  71   public void remove()
  72   {
  73     throw new UnsupportedOperationException();
  74   }
  75 }