JAL-1834 removed quotes around truncated strings with ellipsis
[jalview.git] / src / jalview / datamodel / AnnotatedCollectionI.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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11  *  
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14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.datamodel;
22
23 public interface AnnotatedCollectionI extends SequenceCollectionI
24 {
25
26   /**
27    * TODO: decide if null is a valid response if there is no annotation on the
28    * object
29    * 
30    * @return null
31    */
32   AlignmentAnnotation[] getAlignmentAnnotation();
33
34   Iterable<AlignmentAnnotation> findAnnotation(String calcId);
35
36   Iterable<AlignmentAnnotation> findAnnotations(SequenceI seq,
37           String calcId, String label);
38
39   /**
40    * context for this annotated collection
41    * 
42    * @return null or the collection upon which this collection is defined (e.g.
43    *         alignment, parent group).
44    */
45   AnnotatedCollectionI getContext();
46 }