Check for all gapped seqs
[jalview.git] / src / jalview / datamodel / Annotation.java
1 /*
2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
4 *
5 * This program is free software; you can redistribute it and/or
6 * modify it under the terms of the GNU General Public License
7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
8 * of the License, or (at your option) any later version.
9 *
10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
13 * GNU General Public License for more details.
14 *
15 * You should have received a copy of the GNU General Public License
16 * along with this program; if not, write to the Free Software
17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
18 */\r
19 package jalview.datamodel;\r
20 \r
21 import java.awt.*;\r
22 \r
23 \r
24 /**\r
25  * DOCUMENT ME!\r
26  *\r
27  * @author $author$\r
28  * @version $Revision$\r
29  */\r
30 public class Annotation\r
31 {\r
32     /** DOCUMENT ME!! */\r
33     public String displayCharacter = "";\r
34 \r
35     /** DOCUMENT ME!! */\r
36     public String description = ""; // currently used as mouse over\r
37 \r
38     /** DOCUMENT ME!! */\r
39     public char secondaryStructure = ' '; // recognises H and E\r
40 \r
41     /** DOCUMENT ME!! */\r
42     public float value;\r
43 \r
44     // add visual cues here\r
45 \r
46     /** DOCUMENT ME!! */\r
47     public Color colour = Color.black;\r
48 \r
49     /**\r
50      * Creates a new Annotation object.\r
51      *\r
52      * @param displayChar DOCUMENT ME!\r
53      * @param desc DOCUMENT ME!\r
54      * @param ss DOCUMENT ME!\r
55      * @param val DOCUMENT ME!\r
56      */\r
57     public Annotation(String displayChar, String desc, char ss, float val)\r
58     {\r
59         displayCharacter = displayChar;\r
60         description = desc;\r
61         secondaryStructure = ss;\r
62         value = val;\r
63     }\r
64 \r
65     /**\r
66      * Creates a new Annotation object.\r
67      *\r
68      * @param displayChar DOCUMENT ME!\r
69      * @param desc DOCUMENT ME!\r
70      * @param ss DOCUMENT ME!\r
71      * @param val DOCUMENT ME!\r
72      * @param colour DOCUMENT ME!\r
73      */\r
74     public Annotation(String displayChar, String desc, char ss, float val,\r
75         Color colour)\r
76     {\r
77         this(displayChar, desc, ss, val);\r
78         this.colour = colour;\r
79     }\r
80 }\r