src/jalview/datamodel/Annotation.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24
  25 /**
  26  * Holds all annotation values for a position in an AlignmentAnnotation row
  27  *
  28  * @author $author$
  29  * @version $Revision$
  30  */
  31 public class Annotation
  32 {
  33   /** Character label - also shown below histogram */
  34   public String displayCharacter = "";
  35
  36   /**
  37    * Text label for position: shown in mouse over and displayed on secondary
  38    * structure glyphs
  39    */
  40   public String description = "";
  41
  42   /**
  43    * Secondary structure symbol: Protein symbols are H, E and S(?), RNA are
  44    * WUSS/Vienna plus extended pseudoknot symbols
  45    */
  46   public char secondaryStructure = ' ';
  47
  48   /** Score for the position - used in histograms, line graphs and for shading */
  49   public float value;
  50
  51   /** Colour for position */
  52   public Color colour;
  53
  54   /**
  55    * Creates a new Annotation object.
  56    *
  57    * @param displayChar
  58    *          DOCUMENT ME!
  59    * @param desc
  60    *          DOCUMENT ME!
  61    * @param ss
  62    *          DOCUMENT ME!
  63    * @param val
  64    *          DOCUMENT ME!
  65    */
  66   public Annotation(String displayChar, String desc, char ss, float val)
  67   {
  68     displayCharacter = displayChar;
  69     description = desc;
  70     secondaryStructure = ss;
  71     value = val;
  72
  73   }
  74
  75   /**
  76    * Creates a new Annotation object.
  77    *
  78    * @param displayChar
  79    *          DOCUMENT ME!
  80    * @param desc
  81    *          DOCUMENT ME!
  82    * @param ss
  83    *          DOCUMENT ME!
  84    * @param val
  85    *          DOCUMENT ME!
  86    * @param colour
  87    *          DOCUMENT ME!
  88    */
  89   public Annotation(String displayChar, String desc, char ss, float val,
  90           Color colour)
  91   {
  92     this(displayChar, desc, ss, val);
  93     this.colour = colour;
  94   }
  95
  96   /**
  97    * Copy constructor New annotation takes on the same (or duplicated)
  98    * attributes as the given template
  99    *
 100    * @param that
 101    *          template annotation
 102    */
 103   public Annotation(Annotation that)
 104   {
 105     if (that == null || this == that)
 106     {
 107       return;
 108     }
 109     if (that.displayCharacter != null)
 110     {
 111       displayCharacter = new String(that.displayCharacter);
 112     }
 113     if (that.description != null)
 114     {
 115       description = new String(that.description);
 116     }
 117     secondaryStructure = that.secondaryStructure;
 118     value = that.value;
 119     colour = that.colour;
 120
 121   }
 122
 123   /**
 124    * Value only annotation.
 125    *
 126    * @param val
 127    *          value at this annotation position
 128    */
 129   public Annotation(float val)
 130   {
 131     this(null, null, ' ', val, null);
 132   }
 133
 134   /**
 135    * human readable representation of an annotation row element.
 136    *
 137    * Format is 'display Char','secondary Structure
 138    * Char',"description",score,[colourstring]
 139    *
 140    * fields may be missing if they are null, whitespace, or equivalent to
 141    * Float.NaN
 142    */
 143   @Override
 144   public String toString()
 145   {
 146     StringBuffer sb = new StringBuffer();
 147     if (displayCharacter != null)
 148     {
 149       sb.append("\'");
 150       sb.append(displayCharacter);
 151       sb.append("\'");
 152     }
 153     {
 154       sb.append(",");
 155     }
 156     if (secondaryStructure != 0
 157             && !("" + displayCharacter).equals("" + secondaryStructure))
 158     {
 159       sb.append("\'");
 160       sb.append(secondaryStructure);
 161       sb.append("\'");
 162     }
 163     {
 164       sb.append(",");
 165     }
 166     if (description != null && description.length() > 0)
 167     {
 168       sb.append("\"");
 169       sb.append(description);
 170       sb.append("\"");
 171     }
 172     {
 173       sb.append(",");
 174     }
 175     if (!Float.isNaN(value))
 176     {
 177       sb.append(value);
 178     }
 179     if (colour != null)
 180     {
 181       if (sb.length() > 0)
 182       {
 183         sb.append(",");
 184       }
 185       sb.append("[");
 186       sb.append(colour.getRed());
 187       sb.append(",");
 188       sb.append(colour.getGreen());
 189       sb.append(",");
 190       sb.append(colour.getBlue());
 191       sb.append("]");
 192     }
 193     return sb.toString();
 194   }
 195 }