Disable memory checker for now
[jalview.git] / src / jalview / datamodel / Annotation.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
4  *
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
8  * of the License, or (at your option) any later version.
9  *
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
13  * GNU General Public License for more details.
14  *
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
16  * along with this program; if not, write to the Free Software
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
18  */
19 package jalview.datamodel;
20
21 import java.awt.*;
22
23 /**
24  * DOCUMENT ME!
25  *
26  * @author $author$
27  * @version $Revision$
28  */
29 public class Annotation
30 {
31   /** DOCUMENT ME!! */
32   public String displayCharacter = "";
33
34   /** DOCUMENT ME!! */
35   public String description = ""; // currently used as mouse over
36
37   /** DOCUMENT ME!! */
38   public char secondaryStructure = ' '; // recognises H and E
39
40   /** DOCUMENT ME!! */
41   public float value;
42
43   // add visual cues here
44
45   /** DOCUMENT ME!! */
46   public Color colour = Color.black;
47
48   /**
49    * Creates a new Annotation object.
50    *
51    * @param displayChar DOCUMENT ME!
52    * @param desc DOCUMENT ME!
53    * @param ss DOCUMENT ME!
54    * @param val DOCUMENT ME!
55    */
56   public Annotation(String displayChar, String desc, char ss, float val)
57   {
58     displayCharacter = displayChar;
59     description = desc;
60     secondaryStructure = ss;
61     value = val;
62   }
63
64   /**
65    * Creates a new Annotation object.
66    *
67    * @param displayChar DOCUMENT ME!
68    * @param desc DOCUMENT ME!
69    * @param ss DOCUMENT ME!
70    * @param val DOCUMENT ME!
71    * @param colour DOCUMENT ME!
72    */
73   public Annotation(String displayChar, String desc, char ss, float val,
74                     Color colour)
75   {
76     this(displayChar, desc, ss, val);
77     this.colour = colour;
78   }
79   /**
80    * Copy constructor
81    * New annotation takes on the same (or duplicated) attributes as the given template
82    * @param that template annotation
83    */
84   public Annotation(Annotation that) {
85     if (that==null || this==that)
86     {
87       return;
88     }
89     if (that.displayCharacter!=null)
90       displayCharacter = new String(that.displayCharacter);
91     if (that.description!=null)
92       description = new String(that.description);
93     secondaryStructure = that.secondaryStructure;
94     value = that.value;
95     colour = that.colour;
96   }
97 }