src/jalview/datamodel/AnnotationFilterParameter.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import java.util.ArrayList;
   4 import java.util.List;
   5
   6 public class AnnotationFilterParameter
   7 {
   8   public enum ThresholdType
   9   {
  10     NO_THRESHOLD, BELOW_THRESHOLD, ABOVE_THRESHOLD;
  11   }
  12
  13   public enum SearchableAnnotationField
  14   {
  15     DISPLAY_STRING("Display Character"), DESCRIPTION("Description");
  16     private String fieldName;
  17
  18     SearchableAnnotationField(String fieldName)
  19     {
  20       this.fieldName = fieldName;
  21     }
  22   }
  23   private ThresholdType thresholdType;
  24
  25   private float thresholdValue;
  26
  27   private boolean filterAlphaHelix = false;
  28
  29   private boolean filterBetaSheet = false;
  30
  31   private boolean filterTurn = false;
  32
  33   private String regexString;
  34
  35   private List<SearchableAnnotationField> regexSearchFields = new ArrayList<SearchableAnnotationField>();
  36
  37   public ThresholdType getThresholdType()
  38   {
  39     return thresholdType;
  40   }
  41
  42   public void setThresholdType(ThresholdType thresholdType)
  43   {
  44     this.thresholdType = thresholdType;
  45   }
  46
  47   public float getThresholdValue()
  48   {
  49     return thresholdValue;
  50   }
  51
  52   public void setThresholdValue(float thresholdValue)
  53   {
  54     this.thresholdValue = thresholdValue;
  55   }
  56
  57   public String getRegexString()
  58   {
  59     return regexString;
  60   }
  61
  62   public void setRegexString(String regexString)
  63   {
  64     this.regexString = regexString;
  65   }
  66
  67   public List<SearchableAnnotationField> getRegexSearchFields()
  68   {
  69     return regexSearchFields;
  70   }
  71
  72   public void addRegexSearchField(SearchableAnnotationField regexSearchField)
  73   {
  74     this.regexSearchFields.add(regexSearchField);
  75   }
  76
  77   public boolean isFilterAlphaHelix()
  78   {
  79     return filterAlphaHelix;
  80   }
  81
  82   public void setFilterAlphaHelix(boolean alphaHelix)
  83   {
  84     this.filterAlphaHelix = alphaHelix;
  85   }
  86
  87   public boolean isFilterBetaSheet()
  88   {
  89     return filterBetaSheet;
  90   }
  91
  92   public void setFilterBetaSheet(boolean betaSheet)
  93   {
  94     this.filterBetaSheet = betaSheet;
  95   }
  96
  97   public boolean isFilterTurn()
  98   {
  99     return filterTurn;
 100   }
 101
 102   public void setFilterTurn(boolean turn)
 103   {
 104     this.filterTurn = turn;
 105   }
 106
 107 }