src/jalview/datamodel/BinarySequence.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.datamodel;
  20
  21 import jalview.schemes.*;
  22
  23 /**
  24  * DOCUMENT ME!
  25  *
  26  * @author $author$
  27  * @version $Revision$
  28  */
  29 public class BinarySequence
  30     extends Sequence
  31 {
  32   int[] binary;
  33   double[] dbinary;
  34
  35   /**
  36    * Creates a new BinarySequence object.
  37    *
  38    * @param s DOCUMENT ME!
  39    */
  40   public BinarySequence(String s)
  41   {
  42     super("", s, 0, s.length());
  43   }
  44
  45   /**
  46    * DOCUMENT ME!
  47    */
  48   public void encode()
  49   {
  50     // Set all matrix to 0
  51     dbinary = new double[getSequence().length * 21];
  52
  53     int nores = 21;
  54
  55     for (int i = 0; i < dbinary.length; i++)
  56     {
  57       dbinary[i] = 0.0;
  58     }
  59
  60     for (int i = 0; i < getSequence().length; i++)
  61     {
  62       int aanum = 20;
  63
  64       try
  65       {
  66         aanum = ResidueProperties.aaIndex[getCharAt(i)];
  67       }
  68       catch (NullPointerException e)
  69       {
  70         aanum = 20;
  71       }
  72
  73       if (aanum > 20)
  74       {
  75         aanum = 20;
  76       }
  77
  78       dbinary[ (i * nores) + aanum] = 1.0;
  79     }
  80   }
  81
  82   /**
  83    * ancode using substitution matrix given in matrix
  84    * @param matrix
  85    */
  86   public void matrixEncode(ScoreMatrix matrix)
  87   {
  88     matrixEncode(matrix.isDNA() ? ResidueProperties.nucleotideIndex :
  89                  ResidueProperties.aaIndex, matrix.getMatrix());
  90   }
  91
  92   /**
  93    * DOCUMENT ME!
  94    */
  95   public void blosumEncode()
  96   {
  97     matrixEncode(ResidueProperties.aaIndex, ResidueProperties.getBLOSUM62());
  98   }
  99
 100   private void matrixEncode(int[] aaIndex, int[][] matrix)
 101   {
 102     // Set all matrix to 0
 103     dbinary = new double[getSequence().length * 21];
 104
 105     int nores = 21;
 106
 107     //for (int i = 0; i < dbinary.length; i++) {
 108     //  dbinary[i] = 0.0;
 109     //}
 110     for (int i = 0; i < getSequence().length; i++)
 111     {
 112       int aanum = 20;
 113
 114       try
 115       {
 116         aanum = aaIndex[getCharAt(i)];
 117       }
 118       catch (NullPointerException e)
 119       {
 120         aanum = 20;
 121       }
 122
 123       if (aanum > 20)
 124       {
 125         aanum = 20;
 126       }
 127
 128       // Do the blosum thing
 129
 130       for (int j = 0; j < 20; j++)
 131       {
 132         dbinary[ (i * nores) + j] = matrix[aanum][j];
 133       }
 134     }
 135   }
 136
 137   /**
 138    * DOCUMENT ME!
 139    *
 140    * @return DOCUMENT ME!
 141    */
 142   public String toBinaryString()
 143   {
 144     String out = "";
 145
 146     for (int i = 0; i < binary.length; i++)
 147     {
 148       out += (new Integer(binary[i])).toString();
 149
 150       if (i < (binary.length - 1))
 151       {
 152         out += " ";
 153       }
 154     }
 155
 156     return out;
 157   }
 158
 159   /**
 160    * DOCUMENT ME!
 161    *
 162    * @return DOCUMENT ME!
 163    */
 164   public double[] getDBinary()
 165   {
 166     return dbinary;
 167   }
 168
 169 }