src/jalview/datamodel/BinarySequence.java

   1 /*
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 *
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 * of the License, or (at your option) any later version.
   9 *
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 * GNU General Public License for more details.
  14 *
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18 */
  19 package jalview.datamodel;
  20
  21 import jalview.schemes.*;
  22
  23
  24
  25 /**
  26  * DOCUMENT ME!
  27  *
  28  * @author $author$
  29  * @version $Revision$
  30  */
  31 public class BinarySequence extends Sequence
  32 {
  33     int[] binary;
  34     double[] dbinary;
  35
  36     /**
  37      * Creates a new BinarySequence object.
  38      *
  39      * @param s DOCUMENT ME!
  40      */
  41     public BinarySequence(String s)
  42     {
  43         super("", s, 0, s.length());
  44     }
  45
  46     /**
  47      * DOCUMENT ME!
  48      */
  49     public void encode()
  50     {
  51         // Set all matrix to 0
  52         dbinary = new double[getSequence().length() * 21];
  53
  54         int nores = 21;
  55
  56         for (int i = 0; i < dbinary.length; i++)
  57         {
  58             dbinary[i] = 0.0;
  59         }
  60
  61         for (int i = 0; i < getSequence().length(); i++)
  62         {
  63             int aanum = 20;
  64
  65             try
  66             {
  67                 aanum = ((Integer) ResidueProperties.getAAHash().get(getSequence()
  68                                                                          .substring(i,
  69                             i + 1))).intValue();
  70             }
  71             catch (NullPointerException e)
  72             {
  73                 aanum = 20;
  74             }
  75
  76             if (aanum > 20)
  77             {
  78                 aanum = 20;
  79             }
  80
  81             dbinary[(i * nores) + aanum] = 1.0;
  82         }
  83     }
  84
  85     /**
  86      * DOCUMENT ME!
  87      */
  88     public void blosumEncode()
  89     {
  90         // Set all matrix to 0
  91         dbinary = new double[getSequence().length() * 21];
  92
  93         int nores = 21;
  94
  95         //for (int i = 0; i < dbinary.length; i++) {
  96         //  dbinary[i] = 0.0;
  97         //}
  98         for (int i = 0; i < getSequence().length(); i++)
  99         {
 100             int aanum = 20;
 101
 102             try
 103             {
 104                 aanum = ((Integer) ResidueProperties.getAAHash().get(getSequence()
 105                                                                          .substring(i,
 106                             i + 1))).intValue();
 107             }
 108             catch (NullPointerException e)
 109             {
 110                 aanum = 20;
 111             }
 112
 113             if (aanum > 20)
 114             {
 115                 aanum = 20;
 116             }
 117
 118             // Do the blosum thing
 119             for (int j = 0; j < 20; j++)
 120             {
 121                 dbinary[(i * nores) + j] = ResidueProperties.getBLOSUM62()[aanum][j];
 122             }
 123         }
 124     }
 125
 126     /**
 127      * DOCUMENT ME!
 128      *
 129      * @return DOCUMENT ME!
 130      */
 131     public String toBinaryString()
 132     {
 133         String out = "";
 134
 135         for (int i = 0; i < binary.length; i++)
 136         {
 137             out += (new Integer(binary[i])).toString();
 138
 139             if (i < (binary.length - 1))
 140             {
 141                 out += " ";
 142             }
 143         }
 144
 145         return out;
 146     }
 147
 148     /**
 149      * DOCUMENT ME!
 150      *
 151      * @return DOCUMENT ME!
 152      */
 153     public double[] getDBinary()
 154     {
 155         return dbinary;
 156     }
 157
 158 }