src/jalview/datamodel/BinarySequence.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.datamodel;\r
  21 \r
  22 import jalview.io.*;\r
  23 import jalview.analysis.PCA;\r
  24 import jalview.jbgui.*;\r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import java.awt.*;\r
  28 \r
  29 public class BinarySequence extends Sequence {\r
  30   int[] binary;\r
  31   double[] dbinary;\r
  32 \r
  33   public BinarySequence(SequenceI s) {\r
  34     super(s.getName(),s.getSequence(),s.getStart(),s.getEnd());\r
  35   }\r
  36 \r
  37   public BinarySequence(String name, String sequence, int start, int end) {\r
  38     super(name,sequence,start,end);\r
  39   }\r
  40 \r
  41   public void encode() {\r
  42     // Set all matrix to 0\r
  43     dbinary = new double[getSequence().length() * 21];\r
  44     int nores = 21;\r
  45     for (int i = 0; i < dbinary.length; i++) {\r
  46       dbinary[i] = 0.0;\r
  47     }\r
  48 \r
  49     for (int i=0; i < getSequence().length(); i++ ) {\r
  50       int aanum = 20;\r
  51       try {\r
  52         aanum = ((Integer)ResidueProperties.getAAHash().get(getSequence().substring(i,i+1))).intValue();\r
  53       } catch (NullPointerException e) {\r
  54         aanum = 20;\r
  55       }\r
  56       if (aanum > 20) {\r
  57         aanum = 20;\r
  58       }\r
  59 \r
  60       dbinary[i* nores + aanum] = 1.0;\r
  61 \r
  62     }\r
  63   }\r
  64 \r
  65   public void blosumEncode() {\r
  66 \r
  67     // Set all matrix to 0\r
  68     dbinary = new double[getSequence().length() * 21];\r
  69     int nores = 21;\r
  70     //for (int i = 0; i < dbinary.length; i++) {\r
  71     //  dbinary[i] = 0.0;\r
  72     //}\r
  73 \r
  74     for (int i=0; i < getSequence().length(); i++ ) {\r
  75       int aanum = 20;\r
  76       try {\r
  77         aanum = ((Integer)ResidueProperties.getAAHash().get(getSequence().substring(i,i+1))).intValue();\r
  78       } catch (NullPointerException e) {\r
  79         aanum = 20;\r
  80       }\r
  81       if (aanum > 20) {\r
  82         aanum = 20;\r
  83       }\r
  84 \r
  85       // Do the blosum thing\r
  86       for (int j = 0;j < 20;j++) {\r
  87         dbinary[i * nores + j] = ResidueProperties.getBLOSUM62()[aanum][j];\r
  88       }\r
  89 \r
  90     }\r
  91   }\r
  92 \r
  93   public String toBinaryString() {\r
  94     String out = "";\r
  95     for (int i=0; i < binary.length;i++) {\r
  96       out += (new Integer(binary[i])).toString();\r
  97       if (i < binary.length-1) {\r
  98         out += " ";\r
  99       }\r
 100     }\r
 101     return out;\r
 102   }\r
 103 \r
 104   public double[] getDBinary() {\r
 105     return dbinary;\r
 106   }\r
 107 \r
 108   public static void printMemory(Runtime rt) {\r
 109     System.out.println("DEBUG: Free memory = " + rt.freeMemory()); // log.\r
 110   }\r
 111 }\r