src/jalview/datamodel/BinarySequence.java

   1 /*
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 *
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 * of the License, or (at your option) any later version.
   9 *
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 * GNU General Public License for more details.
  14 *
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18 */
  19 package jalview.datamodel;
  20
  21 import jalview.schemes.*;
  22
  23
  24
  25 /**
  26  * DOCUMENT ME!
  27  *
  28  * @author $author$
  29  * @version $Revision$
  30  */
  31 public class BinarySequence extends Sequence
  32 {
  33     int[] binary;
  34     double[] dbinary;
  35
  36     /**
  37      * Creates a new BinarySequence object.
  38      *
  39      * @param s DOCUMENT ME!
  40      */
  41     public BinarySequence(String s)
  42     {
  43         super("", s, 0, s.length());
  44     }
  45
  46     /**
  47      * DOCUMENT ME!
  48      */
  49     public void encode()
  50     {
  51         // Set all matrix to 0
  52         dbinary = new double[getSequence().length * 21];
  53
  54         int nores = 21;
  55
  56         for (int i = 0; i < dbinary.length; i++)
  57         {
  58             dbinary[i] = 0.0;
  59         }
  60
  61         for (int i = 0; i < getSequence().length; i++)
  62         {
  63             int aanum = 20;
  64
  65             try
  66             {
  67                 aanum = ResidueProperties.aaIndex[getCharAt(i)];
  68             }
  69             catch (NullPointerException e)
  70             {
  71                 aanum = 20;
  72             }
  73
  74             if (aanum > 20)
  75             {
  76                 aanum = 20;
  77             }
  78
  79             dbinary[(i * nores) + aanum] = 1.0;
  80         }
  81     }
  82     /**
  83      * ancode using substitution matrix given in matrix
  84      * @param matrix
  85      */
  86     public void matrixEncode(ScoreMatrix matrix) {
  87       matrixEncode(matrix.isDNA()?ResidueProperties.nucleotideIndex: ResidueProperties.aaIndex, matrix.getMatrix());
  88     }
  89     /**
  90      * DOCUMENT ME!
  91      */
  92     public void blosumEncode()
  93     {
  94       matrixEncode(ResidueProperties.aaIndex, ResidueProperties.getBLOSUM62());
  95     }
  96     private void matrixEncode(int[] aaIndex, int[][] matrix) {
  97       // Set all matrix to 0
  98         dbinary = new double[getSequence().length * 21];
  99
 100         int nores = 21;
 101
 102         //for (int i = 0; i < dbinary.length; i++) {
 103         //  dbinary[i] = 0.0;
 104         //}
 105         for (int i = 0; i < getSequence().length; i++)
 106         {
 107             int aanum = 20;
 108
 109             try
 110             {
 111                 aanum = aaIndex[getCharAt(i)];
 112             }
 113             catch (NullPointerException e)
 114             {
 115                 aanum = 20;
 116             }
 117
 118             if (aanum > 20)
 119             {
 120                 aanum = 20;
 121             }
 122
 123             // Do the blosum thing
 124
 125             for (int j = 0; j < 20; j++)
 126             {
 127                 dbinary[(i * nores) + j] = matrix[aanum][j];
 128             }
 129         }
 130     }
 131
 132     /**
 133      * DOCUMENT ME!
 134      *
 135      * @return DOCUMENT ME!
 136      */
 137     public String toBinaryString()
 138     {
 139         String out = "";
 140
 141         for (int i = 0; i < binary.length; i++)
 142         {
 143             out += (new Integer(binary[i])).toString();
 144
 145             if (i < (binary.length - 1))
 146             {
 147                 out += " ";
 148             }
 149         }
 150
 151         return out;
 152     }
 153
 154     /**
 155      * DOCUMENT ME!
 156      *
 157      * @return DOCUMENT ME!
 158      */
 159     public double[] getDBinary()
 160     {
 161         return dbinary;
 162     }
 163
 164 }