src/jalview/datamodel/BinarySequence.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.datamodel;\r
  20 \r
  21 import jalview.schemes.*;\r
  22 \r
  23 \r
  24 \r
  25 /**\r
  26  * DOCUMENT ME!\r
  27  *\r
  28  * @author $author$\r
  29  * @version $Revision$\r
  30  */\r
  31 public class BinarySequence extends Sequence\r
  32 {\r
  33     int[] binary;\r
  34     double[] dbinary;\r
  35 \r
  36     /**\r
  37      * Creates a new BinarySequence object.\r
  38      *\r
  39      * @param s DOCUMENT ME!\r
  40      */\r
  41     public BinarySequence(String s)\r
  42     {\r
  43         super("", s, 0, s.length());\r
  44     }\r
  45 \r
  46     /**\r
  47      * DOCUMENT ME!\r
  48      */\r
  49     public void encode()\r
  50     {\r
  51         // Set all matrix to 0\r
  52         dbinary = new double[getSequence().length() * 21];\r
  53 \r
  54         int nores = 21;\r
  55 \r
  56         for (int i = 0; i < dbinary.length; i++)\r
  57         {\r
  58             dbinary[i] = 0.0;\r
  59         }\r
  60 \r
  61         for (int i = 0; i < getSequence().length(); i++)\r
  62         {\r
  63             int aanum = 20;\r
  64 \r
  65             try\r
  66             {\r
  67                 aanum = ResidueProperties.aaIndex[getSequence().charAt(i)];\r
  68             }\r
  69             catch (NullPointerException e)\r
  70             {\r
  71                 aanum = 20;\r
  72             }\r
  73 \r
  74             if (aanum > 20)\r
  75             {\r
  76                 aanum = 20;\r
  77             }\r
  78 \r
  79             dbinary[(i * nores) + aanum] = 1.0;\r
  80         }\r
  81     }\r
  82 \r
  83     /**\r
  84      * DOCUMENT ME!\r
  85      */\r
  86     public void blosumEncode()\r
  87     {\r
  88         // Set all matrix to 0\r
  89         dbinary = new double[getSequence().length() * 21];\r
  90 \r
  91         int nores = 21;\r
  92 \r
  93         //for (int i = 0; i < dbinary.length; i++) {\r
  94         //  dbinary[i] = 0.0;\r
  95         //}\r
  96         for (int i = 0; i < getSequence().length(); i++)\r
  97         {\r
  98             int aanum = 20;\r
  99 \r
 100             try\r
 101             {\r
 102                 aanum = ResidueProperties.aaIndex[getSequence().charAt(i)];\r
 103             }\r
 104             catch (NullPointerException e)\r
 105             {\r
 106                 aanum = 20;\r
 107             }\r
 108 \r
 109             if (aanum > 20)\r
 110             {\r
 111                 aanum = 20;\r
 112             }\r
 113 \r
 114             // Do the blosum thing\r
 115             for (int j = 0; j < 20; j++)\r
 116             {\r
 117                 dbinary[(i * nores) + j] = ResidueProperties.getBLOSUM62()[aanum][j];\r
 118             }\r
 119         }\r
 120     }\r
 121 \r
 122     /**\r
 123      * DOCUMENT ME!\r
 124      *\r
 125      * @return DOCUMENT ME!\r
 126      */\r
 127     public String toBinaryString()\r
 128     {\r
 129         String out = "";\r
 130 \r
 131         for (int i = 0; i < binary.length; i++)\r
 132         {\r
 133             out += (new Integer(binary[i])).toString();\r
 134 \r
 135             if (i < (binary.length - 1))\r
 136             {\r
 137                 out += " ";\r
 138             }\r
 139         }\r
 140 \r
 141         return out;\r
 142     }\r
 143 \r
 144     /**\r
 145      * DOCUMENT ME!\r
 146      *\r
 147      * @return DOCUMENT ME!\r
 148      */\r
 149     public double[] getDBinary()\r
 150     {\r
 151         return dbinary;\r
 152     }\r
 153 \r
 154 }\r