src/jalview/datamodel/BinarySequence.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.datamodel;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.PCA;\r
  22 \r
  23 import jalview.io.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.jbgui.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.schemes.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 \r
  31 \r
  32 /**\r
  33  * DOCUMENT ME!\r
  34  *\r
  35  * @author $author$\r
  36  * @version $Revision$\r
  37  */\r
  38 public class BinarySequence extends Sequence\r
  39 {\r
  40     int[] binary;\r
  41     double[] dbinary;\r
  42 \r
  43     /**\r
  44      * Creates a new BinarySequence object.\r
  45      *\r
  46      * @param s DOCUMENT ME!\r
  47      */\r
  48     public BinarySequence(SequenceI s)\r
  49     {\r
  50         super(s.getName(), s.getSequence(), s.getStart(), s.getEnd());\r
  51     }\r
  52 \r
  53     /**\r
  54      * Creates a new BinarySequence object.\r
  55      *\r
  56      * @param name DOCUMENT ME!\r
  57      * @param sequence DOCUMENT ME!\r
  58      * @param start DOCUMENT ME!\r
  59      * @param end DOCUMENT ME!\r
  60      */\r
  61     public BinarySequence(String name, String sequence, int start, int end)\r
  62     {\r
  63         super(name, sequence, start, end);\r
  64     }\r
  65 \r
  66     /**\r
  67      * DOCUMENT ME!\r
  68      */\r
  69     public void encode()\r
  70     {\r
  71         // Set all matrix to 0\r
  72         dbinary = new double[getSequence().length() * 21];\r
  73 \r
  74         int nores = 21;\r
  75 \r
  76         for (int i = 0; i < dbinary.length; i++)\r
  77         {\r
  78             dbinary[i] = 0.0;\r
  79         }\r
  80 \r
  81         for (int i = 0; i < getSequence().length(); i++)\r
  82         {\r
  83             int aanum = 20;\r
  84 \r
  85             try\r
  86             {\r
  87                 aanum = ((Integer) ResidueProperties.getAAHash().get(getSequence()\r
  88                                                                          .substring(i,\r
  89                             i + 1))).intValue();\r
  90             }\r
  91             catch (NullPointerException e)\r
  92             {\r
  93                 aanum = 20;\r
  94             }\r
  95 \r
  96             if (aanum > 20)\r
  97             {\r
  98                 aanum = 20;\r
  99             }\r
 100 \r
 101             dbinary[(i * nores) + aanum] = 1.0;\r
 102         }\r
 103     }\r
 104 \r
 105     /**\r
 106      * DOCUMENT ME!\r
 107      */\r
 108     public void blosumEncode()\r
 109     {\r
 110         // Set all matrix to 0\r
 111         dbinary = new double[getSequence().length() * 21];\r
 112 \r
 113         int nores = 21;\r
 114 \r
 115         //for (int i = 0; i < dbinary.length; i++) {\r
 116         //  dbinary[i] = 0.0;\r
 117         //}\r
 118         for (int i = 0; i < getSequence().length(); i++)\r
 119         {\r
 120             int aanum = 20;\r
 121 \r
 122             try\r
 123             {\r
 124                 aanum = ((Integer) ResidueProperties.getAAHash().get(getSequence()\r
 125                                                                          .substring(i,\r
 126                             i + 1))).intValue();\r
 127             }\r
 128             catch (NullPointerException e)\r
 129             {\r
 130                 aanum = 20;\r
 131             }\r
 132 \r
 133             if (aanum > 20)\r
 134             {\r
 135                 aanum = 20;\r
 136             }\r
 137 \r
 138             // Do the blosum thing\r
 139             for (int j = 0; j < 20; j++)\r
 140             {\r
 141                 dbinary[(i * nores) + j] = ResidueProperties.getBLOSUM62()[aanum][j];\r
 142             }\r
 143         }\r
 144     }\r
 145 \r
 146     /**\r
 147      * DOCUMENT ME!\r
 148      *\r
 149      * @return DOCUMENT ME!\r
 150      */\r
 151     public String toBinaryString()\r
 152     {\r
 153         String out = "";\r
 154 \r
 155         for (int i = 0; i < binary.length; i++)\r
 156         {\r
 157             out += (new Integer(binary[i])).toString();\r
 158 \r
 159             if (i < (binary.length - 1))\r
 160             {\r
 161                 out += " ";\r
 162             }\r
 163         }\r
 164 \r
 165         return out;\r
 166     }\r
 167 \r
 168     /**\r
 169      * DOCUMENT ME!\r
 170      *\r
 171      * @return DOCUMENT ME!\r
 172      */\r
 173     public double[] getDBinary()\r
 174     {\r
 175         return dbinary;\r
 176     }\r
 177 \r
 178     /**\r
 179      * DOCUMENT ME!\r
 180      *\r
 181      * @param rt DOCUMENT ME!\r
 182      */\r
 183     public static void printMemory(Runtime rt)\r
 184     {\r
 185         System.out.println("DEBUG: Free memory = " + rt.freeMemory()); // log.\r
 186     }\r
 187 }\r