Associate trees with views
[jalview.git] / src / jalview / datamodel / CigarCigar.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
4  *
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
8  * of the License, or (at your option) any later version.
9  *
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
13  * GNU General Public License for more details.
14  *
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
16  * along with this program; if not, write to the Free Software
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
18  */
19 package jalview.datamodel;
20
21 public class CigarCigar
22     extends CigarSimple
23 {
24   SeqCigar refCigar;
25     /**
26      * Apply CIGAR operations to the result of another cigar
27      * @param cigar Cigar
28      */
29     CigarCigar(SeqCigar cigar) {
30       super();
31       refCigar = cigar;
32     }
33   /**
34    *
35    * @return String formed by applying CIGAR operations to the reference object
36    * @param GapChar char
37    * @todo Implement this jalview.datamodel.Cigar method
38    */
39   public String getSequenceString(char GapChar)
40   {
41     if (length==0)
42       return "";
43     String refString = refCigar.getSequenceString(GapChar);
44     if (refString!=null) {
45       return (length==0) ? "" : (String) getSequenceAndDeletions(refString, GapChar)[0];
46     } else
47       return null;
48   }
49
50 }