src/jalview/datamodel/CigarCigar.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.datamodel;
  20
  21 public class CigarCigar
  22     extends CigarSimple
  23 {
  24   SeqCigar refCigar;
  25     /**
  26      * Apply CIGAR operations to the result of another cigar
  27      * @param cigar Cigar
  28      */
  29     CigarCigar(SeqCigar cigar) {
  30       super();
  31       refCigar = cigar;
  32     }
  33   /**
  34    *
  35    * @return String formed by applying CIGAR operations to the reference object
  36    * @param GapChar char
  37    * @todo Implement this jalview.datamodel.Cigar method
  38    */
  39   public String getSequenceString(char GapChar)
  40   {
  41     if (length==0)
  42       return "";
  43     String refString = refCigar.getSequenceString(GapChar);
  44     if (refString!=null) {
  45       return (length==0) ? "" : (String) getSequenceAndDeletions(refString, GapChar)[0];
  46     } else
  47       return null;
  48   }
  49
  50 }