Disable memory checker for now
[jalview.git] / src / jalview / datamodel / CigarCigar.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
4  *
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
8  * of the License, or (at your option) any later version.
9  *
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
13  * GNU General Public License for more details.
14  *
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
16  * along with this program; if not, write to the Free Software
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
18  */
19 package jalview.datamodel;
20
21 public class CigarCigar
22     extends CigarSimple
23 {
24   SeqCigar refCigar;
25   /**
26    * Apply CIGAR operations to the result of another cigar
27    * @param cigar Cigar
28    */
29   CigarCigar(SeqCigar cigar)
30   {
31     super();
32     refCigar = cigar;
33   }
34
35   /**
36    *
37    * @return String formed by applying CIGAR operations to the reference object
38    * @param GapChar char
39    * @todo Implement this jalview.datamodel.Cigar method
40    */
41   public String getSequenceString(char GapChar)
42   {
43     if (length == 0)
44     {
45       return "";
46     }
47     String refString = refCigar.getSequenceString(GapChar);
48     if (refString != null)
49     {
50       return (length == 0) ? "" :
51           (String) getSequenceAndDeletions(refString, GapChar)[0];
52     }
53     else
54     {
55       return null;
56     }
57   }
58
59 }