src/jalview/datamodel/CigarCigar.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 public class CigarCigar extends CigarSimple
  24 {
  25   SeqCigar refCigar;
  26
  27   /**
  28    * Apply CIGAR operations to the result of another cigar
  29    *
  30    * @param cigar
  31    *          Cigar
  32    */
  33   CigarCigar(SeqCigar cigar)
  34   {
  35     super();
  36     refCigar = cigar;
  37   }
  38
  39   /**
  40    *
  41    * @return String formed by applying CIGAR operations to the reference object
  42    * @param GapChar
  43    *          char
  44    * @todo Implement this jalview.datamodel.Cigar method
  45    */
  46   public String getSequenceString(char GapChar)
  47   {
  48     if (length == 0)
  49     {
  50       return "";
  51     }
  52     String refString = refCigar.getSequenceString(GapChar);
  53     if (refString != null)
  54     {
  55       return (length == 0) ? ""
  56               : (String) getSequenceAndDeletions(refString, GapChar)[0];
  57     }
  58     else
  59     {
  60       return null;
  61     }
  62   }
  63
  64 }