JAL-1632 add score model params to PCAModel and PCA constructors
[jalview.git] / src / jalview / datamodel / CigarCigar.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.datamodel;
22
23 public class CigarCigar extends CigarSimple
24 {
25   SeqCigar refCigar;
26
27   /**
28    * Apply CIGAR operations to the result of another cigar
29    * 
30    * @param cigar
31    *          Cigar
32    */
33   CigarCigar(SeqCigar cigar)
34   {
35     super();
36     refCigar = cigar;
37   }
38
39   /**
40    * 
41    * @return String formed by applying CIGAR operations to the reference object
42    * @param GapChar
43    *          char
44    * @todo Implement this jalview.datamodel.Cigar method
45    */
46   public String getSequenceString(char GapChar)
47   {
48     if (length == 0)
49     {
50       return "";
51     }
52     String refString = refCigar.getSequenceString(GapChar);
53     if (refString != null)
54     {
55       return (length == 0) ? "" : (String) getSequenceAndDeletions(
56               refString, GapChar)[0];
57     }
58     else
59     {
60       return null;
61     }
62   }
63
64 }