src/jalview/datamodel/CigarCigar.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 public class CigarCigar
   4     extends CigarSimple
   5 {
   6   SeqCigar refCigar;
   7     /**
   8      * Apply CIGAR operations to the result of another cigar
   9      * @param cigar Cigar
  10      */
  11     CigarCigar(SeqCigar cigar) {
  12       super();
  13       refCigar = cigar;
  14     }
  15   /**
  16    *
  17    * @return String formed by applying CIGAR operations to the reference object
  18    * @param GapChar char
  19    * @todo Implement this jalview.datamodel.Cigar method
  20    */
  21   public String getSequenceString(char GapChar)
  22   {
  23     if (length==0)
  24       return "";
  25     String refString = refCigar.getSequenceString(GapChar);
  26     if (refString!=null) {
  27       return (length==0) ? "" : (String) getSequenceAndDeletions(refString, GapChar)[0];
  28     } else
  29       return null;
  30   }
  31
  32 }