src/jalview/datamodel/CigarCigar.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.datamodel;
  20
  21 public class CigarCigar
  22     extends CigarSimple
  23 {
  24   SeqCigar refCigar;
  25   /**
  26    * Apply CIGAR operations to the result of another cigar
  27    * @param cigar Cigar
  28    */
  29   CigarCigar(SeqCigar cigar)
  30   {
  31     super();
  32     refCigar = cigar;
  33   }
  34
  35   /**
  36    *
  37    * @return String formed by applying CIGAR operations to the reference object
  38    * @param GapChar char
  39    * @todo Implement this jalview.datamodel.Cigar method
  40    */
  41   public String getSequenceString(char GapChar)
  42   {
  43     if (length == 0)
  44     {
  45       return "";
  46     }
  47     String refString = refCigar.getSequenceString(GapChar);
  48     if (refString != null)
  49     {
  50       return (length == 0) ? "" :
  51           (String) getSequenceAndDeletions(refString, GapChar)[0];
  52     }
  53     else
  54     {
  55       return null;
  56     }
  57   }
  58
  59 }