src/jalview/datamodel/CigarSimple.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.datamodel;\r
  19 \r
  20 public abstract class CigarSimple extends CigarBase\r
  21 {\r
  22   /**\r
  23    * Return a symbol sequence with edits (gaps, insertions and deletions)\r
  24    * applied\r
  25    * \r
  26    * @param GapChar\r
  27    *          char\r
  28    * @return String\r
  29    */\r
  30   public abstract String getSequenceString(char GapChar);\r
  31 \r
  32 }\r