src/jalview/datamodel/ColumnSelection.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.datamodel;\r
  19 \r
  20 import java.util.*;\r
  21 \r
  22 import jalview.util.*;\r
  23 \r
  24 /**\r
  25  * NOTE: Columns are zero based.\r
  26  */\r
  27 public class ColumnSelection\r
  28 {\r
  29   Vector selected = new Vector();\r
  30 \r
  31   // Vector of int [] {startCol, endCol}\r
  32   Vector hiddenColumns;\r
  33 \r
  34   /**\r
  35    * Add a column to the selection\r
  36    * \r
  37    * @param col\r
  38    *          index of column\r
  39    */\r
  40   public void addElement(int col)\r
  41   {\r
  42     Integer column = new Integer(col);\r
  43     if (!selected.contains(column))\r
  44     {\r
  45       selected.addElement(column);\r
  46     }\r
  47   }\r
  48 \r
  49   /**\r
  50    * clears column selection\r
  51    */\r
  52   public void clear()\r
  53   {\r
  54     selected.removeAllElements();\r
  55   }\r
  56 \r
  57   /**\r
  58    * removes col from selection\r
  59    * \r
  60    * @param col\r
  61    *          index of column to be removed\r
  62    */\r
  63   public void removeElement(int col)\r
  64   {\r
  65     Integer colInt = new Integer(col);\r
  66 \r
  67     if (selected.contains(colInt))\r
  68     {\r
  69       selected.removeElement(colInt);\r
  70     }\r
  71   }\r
  72 \r
  73   /**\r
  74    * removes a range of columns from the selection\r
  75    * \r
  76    * @param start\r
  77    *          int - first column in range to be removed\r
  78    * @param end\r
  79    *          int - last col\r
  80    */\r
  81   public void removeElements(int start, int end)\r
  82   {\r
  83     Integer colInt;\r
  84     for (int i = start; i < end; i++)\r
  85     {\r
  86       colInt = new Integer(i);\r
  87       if (selected.contains(colInt))\r
  88       {\r
  89         selected.removeElement(colInt);\r
  90       }\r
  91     }\r
  92   }\r
  93 \r
  94   /**\r
  95    * \r
  96    * @return Vector containing selected columns as Integers\r
  97    */\r
  98   public Vector getSelected()\r
  99   {\r
 100     return selected;\r
 101   }\r
 102 \r
 103   /**\r
 104    * \r
 105    * @param col\r
 106    *          index to search for in column selection\r
 107    * \r
 108    * @return true if Integer(col) is in selection.\r
 109    */\r
 110   public boolean contains(int col)\r
 111   {\r
 112     return selected.contains(new Integer(col));\r
 113   }\r
 114 \r
 115   /**\r
 116    * Column number at position i in selection\r
 117    * \r
 118    * @param i\r
 119    *          index into selected columns\r
 120    * \r
 121    * @return column number in alignment\r
 122    */\r
 123   public int columnAt(int i)\r
 124   {\r
 125     return ((Integer) selected.elementAt(i)).intValue();\r
 126   }\r
 127 \r
 128   /**\r
 129    * DOCUMENT ME!\r
 130    * \r
 131    * @return DOCUMENT ME!\r
 132    */\r
 133   public int size()\r
 134   {\r
 135     return selected.size();\r
 136   }\r
 137 \r
 138   /**\r
 139    * rightmost selected column\r
 140    * \r
 141    * @return rightmost column in alignment that is selected\r
 142    */\r
 143   public int getMax()\r
 144   {\r
 145     int max = -1;\r
 146 \r
 147     for (int i = 0; i < selected.size(); i++)\r
 148     {\r
 149       if (columnAt(i) > max)\r
 150       {\r
 151         max = columnAt(i);\r
 152       }\r
 153     }\r
 154 \r
 155     return max;\r
 156   }\r
 157 \r
 158   /**\r
 159    * Leftmost column in selection\r
 160    * \r
 161    * @return column index of leftmost column in selection\r
 162    */\r
 163   public int getMin()\r
 164   {\r
 165     int min = 1000000000;\r
 166 \r
 167     for (int i = 0; i < selected.size(); i++)\r
 168     {\r
 169       if (columnAt(i) < min)\r
 170       {\r
 171         min = columnAt(i);\r
 172       }\r
 173     }\r
 174 \r
 175     return min;\r
 176   }\r
 177 \r
 178   /**\r
 179    * propagate shift in alignment columns to column selection\r
 180    * \r
 181    * @param start\r
 182    *          beginning of edit\r
 183    * @param left\r
 184    *          shift in edit (+ve for removal, or -ve for inserts)\r
 185    */\r
 186   public Vector compensateForEdit(int start, int change)\r
 187   {\r
 188     Vector deletedHiddenColumns = null;\r
 189     for (int i = 0; i < size(); i++)\r
 190     {\r
 191       int temp = columnAt(i);\r
 192 \r
 193       if (temp >= start)\r
 194       {\r
 195         selected.setElementAt(new Integer(temp - change), i);\r
 196       }\r
 197     }\r
 198 \r
 199     if (hiddenColumns != null)\r
 200     {\r
 201       deletedHiddenColumns = new Vector();\r
 202       int hSize = hiddenColumns.size();\r
 203       for (int i = 0; i < hSize; i++)\r
 204       {\r
 205         int[] region = (int[]) hiddenColumns.elementAt(i);\r
 206         if (region[0] > start && start + change > region[1])\r
 207         {\r
 208           deletedHiddenColumns.addElement(hiddenColumns.elementAt(i));\r
 209 \r
 210           hiddenColumns.removeElementAt(i);\r
 211           i--;\r
 212           hSize--;\r
 213           continue;\r
 214         }\r
 215 \r
 216         if (region[0] > start)\r
 217         {\r
 218           region[0] -= change;\r
 219           region[1] -= change;\r
 220         }\r
 221 \r
 222         if (region[0] < 0)\r
 223         {\r
 224           region[0] = 0;\r
 225         }\r
 226 \r
 227       }\r
 228 \r
 229       this.revealHiddenColumns(0);\r
 230     }\r
 231 \r
 232     return deletedHiddenColumns;\r
 233   }\r
 234 \r
 235   /**\r
 236    * propagate shift in alignment columns to column selection special version of\r
 237    * compensateForEdit - allowing for edits within hidden regions\r
 238    * \r
 239    * @param start\r
 240    *          beginning of edit\r
 241    * @param left\r
 242    *          shift in edit (+ve for removal, or -ve for inserts)\r
 243    */\r
 244   private void compensateForDelEdits(int start, int change)\r
 245   {\r
 246     for (int i = 0; i < size(); i++)\r
 247     {\r
 248       int temp = columnAt(i);\r
 249 \r
 250       if (temp >= start)\r
 251       {\r
 252         selected.setElementAt(new Integer(temp - change), i);\r
 253       }\r
 254     }\r
 255 \r
 256     if (hiddenColumns != null)\r
 257     {\r
 258       for (int i = 0; i < hiddenColumns.size(); i++)\r
 259       {\r
 260         int[] region = (int[]) hiddenColumns.elementAt(i);\r
 261         if (region[0] >= start)\r
 262         {\r
 263           region[0] -= change;\r
 264         }\r
 265         if (region[1] >= start)\r
 266         {\r
 267           region[1] -= change;\r
 268         }\r
 269         if (region[1] < region[0])\r
 270         {\r
 271           hiddenColumns.removeElementAt(i--);\r
 272         }\r
 273 \r
 274         if (region[0] < 0)\r
 275         {\r
 276           region[0] = 0;\r
 277         }\r
 278         if (region[1] < 0)\r
 279         {\r
 280           region[1] = 0;\r
 281         }\r
 282       }\r
 283     }\r
 284   }\r
 285 \r
 286   /**\r
 287    * Adjust hidden column boundaries based on a series of column additions or\r
 288    * deletions in visible regions.\r
 289    * \r
 290    * @param shiftrecord\r
 291    * @return\r
 292    */\r
 293   public ShiftList compensateForEdits(ShiftList shiftrecord)\r
 294   {\r
 295     if (shiftrecord != null)\r
 296     {\r
 297       Vector shifts = shiftrecord.shifts;\r
 298       if (shifts != null && shifts.size() > 0)\r
 299       {\r
 300         int shifted = 0;\r
 301         for (int i = 0, j = shifts.size(); i < j; i++)\r
 302         {\r
 303           int[] sh = (int[]) shifts.elementAt(i);\r
 304           // compensateForEdit(shifted+sh[0], sh[1]);\r
 305           compensateForDelEdits(shifted + sh[0], sh[1]);\r
 306           shifted -= sh[1];\r
 307         }\r
 308       }\r
 309       return shiftrecord.getInverse();\r
 310     }\r
 311     return null;\r
 312   }\r
 313 \r
 314   /**\r
 315    * removes intersection of position,length ranges in deletions from the\r
 316    * start,end regions marked in intervals.\r
 317    * \r
 318    * @param deletions\r
 319    * @param intervals\r
 320    * @return\r
 321    */\r
 322   private boolean pruneIntervalVector(Vector deletions, Vector intervals)\r
 323   {\r
 324     boolean pruned = false;\r
 325     int i = 0, j = intervals.size() - 1, s = 0, t = deletions.size() - 1;\r
 326     int hr[] = (int[]) intervals.elementAt(i);\r
 327     int sr[] = (int[]) deletions.elementAt(s);\r
 328     while (i <= j && s <= t)\r
 329     {\r
 330       boolean trailinghn = hr[1] >= sr[0];\r
 331       if (!trailinghn)\r
 332       {\r
 333         if (i < j)\r
 334         {\r
 335           hr = (int[]) intervals.elementAt(++i);\r
 336         }\r
 337         else\r
 338         {\r
 339           i++;\r
 340         }\r
 341         continue;\r
 342       }\r
 343       int endshift = sr[0] + sr[1]; // deletion ranges - -ve means an insert\r
 344       if (endshift < hr[0] || endshift < sr[0])\r
 345       { // leadinghc disjoint or not a deletion\r
 346         if (s < t)\r
 347         {\r
 348           sr = (int[]) deletions.elementAt(++s);\r
 349         }\r
 350         else\r
 351         {\r
 352           s++;\r
 353         }\r
 354         continue;\r
 355       }\r
 356       boolean leadinghn = hr[0] >= sr[0];\r
 357       boolean leadinghc = hr[0] < endshift;\r
 358       boolean trailinghc = hr[1] < endshift;\r
 359       if (leadinghn)\r
 360       {\r
 361         if (trailinghc)\r
 362         { // deleted hidden region.\r
 363           intervals.removeElementAt(i);\r
 364           pruned = true;\r
 365           j--;\r
 366           if (i <= j)\r
 367           {\r
 368             hr = (int[]) intervals.elementAt(i);\r
 369           }\r
 370           continue;\r
 371         }\r
 372         if (leadinghc)\r
 373         {\r
 374           hr[0] = endshift; // clip c terminal region\r
 375           leadinghn = !leadinghn;\r
 376           pruned = true;\r
 377         }\r
 378       }\r
 379       if (!leadinghn)\r
 380       {\r
 381         if (trailinghc)\r
 382         {\r
 383           if (trailinghn)\r
 384           {\r
 385             hr[1] = sr[0] - 1;\r
 386             pruned = true;\r
 387           }\r
 388         }\r
 389         else\r
 390         {\r
 391           // sr contained in hr\r
 392           if (s < t)\r
 393           {\r
 394             sr = (int[]) deletions.elementAt(++s);\r
 395           }\r
 396           else\r
 397           {\r
 398             s++;\r
 399           }\r
 400           continue;\r
 401         }\r
 402       }\r
 403     }\r
 404     return pruned; // true if any interval was removed or modified by\r
 405     // operations.\r
 406   }\r
 407 \r
 408   private boolean pruneColumnList(Vector deletion, Vector list)\r
 409   {\r
 410     int s = 0, t = deletion.size();\r
 411     int[] sr = (int[]) list.elementAt(s++);\r
 412     boolean pruned = false;\r
 413     int i = 0, j = list.size();\r
 414     while (i < j && s <= t)\r
 415     {\r
 416       int c = ((Integer) list.elementAt(i++)).intValue();\r
 417       if (sr[0] <= c)\r
 418       {\r
 419         if (sr[1] + sr[0] >= c)\r
 420         { // sr[1] -ve means inseriton.\r
 421           list.removeElementAt(--i);\r
 422           j--;\r
 423         }\r
 424         else\r
 425         {\r
 426           if (s < t)\r
 427           {\r
 428             sr = (int[]) deletion.elementAt(s);\r
 429           }\r
 430           s++;\r
 431         }\r
 432       }\r
 433     }\r
 434     return pruned;\r
 435   }\r
 436 \r
 437   /**\r
 438    * remove any hiddenColumns or selected columns and shift remaining based on a\r
 439    * series of position, range deletions.\r
 440    * \r
 441    * @param deletions\r
 442    */\r
 443   public void pruneDeletions(ShiftList deletions)\r
 444   {\r
 445     if (deletions != null)\r
 446     {\r
 447       Vector shifts = deletions.shifts;\r
 448       if (shifts != null && shifts.size() > 0)\r
 449       {\r
 450         // delete any intervals intersecting.\r
 451         if (hiddenColumns != null)\r
 452         {\r
 453           pruneIntervalVector(shifts, hiddenColumns);\r
 454           if (hiddenColumns != null && hiddenColumns.size() == 0)\r
 455           {\r
 456             hiddenColumns = null;\r
 457           }\r
 458         }\r
 459         if (selected != null && selected.size() > 0)\r
 460         {\r
 461           pruneColumnList(shifts, selected);\r
 462           if (selected != null && selected.size() == 0)\r
 463           {\r
 464             selected = null;\r
 465           }\r
 466         }\r
 467         // and shift the rest.\r
 468         this.compensateForEdits(deletions);\r
 469       }\r
 470     }\r
 471   }\r
 472 \r
 473   /**\r
 474    * This Method is used to return all the HiddenColumn regions less than the\r
 475    * given index.\r
 476    * \r
 477    * @param end\r
 478    *          int\r
 479    * @return Vector\r
 480    */\r
 481   public Vector getHiddenColumns()\r
 482   {\r
 483     return hiddenColumns;\r
 484   }\r
 485 \r
 486   /**\r
 487    * Return absolute column index for a visible column index\r
 488    * \r
 489    * @param column\r
 490    *          int column index in alignment view\r
 491    * @return alignment column index for column\r
 492    */\r
 493   public int adjustForHiddenColumns(int column)\r
 494   {\r
 495     int result = column;\r
 496     if (hiddenColumns != null)\r
 497     {\r
 498       for (int i = 0; i < hiddenColumns.size(); i++)\r
 499       {\r
 500         int[] region = (int[]) hiddenColumns.elementAt(i);\r
 501         if (result >= region[0])\r
 502         {\r
 503           result += region[1] - region[0] + 1;\r
 504         }\r
 505       }\r
 506     }\r
 507     return result;\r
 508   }\r
 509 \r
 510   /**\r
 511    * Use this method to find out where a column will appear in the visible\r
 512    * alignment when hidden columns exist. If the column is not visible, then the\r
 513    * left-most visible column will always be returned.\r
 514    * \r
 515    * @param hiddenColumn\r
 516    *          int\r
 517    * @return int\r
 518    */\r
 519   public int findColumnPosition(int hiddenColumn)\r
 520   {\r
 521     int result = hiddenColumn;\r
 522     if (hiddenColumns != null)\r
 523     {\r
 524       int index = 0;\r
 525       int[] region;\r
 526       do\r
 527       {\r
 528         region = (int[]) hiddenColumns.elementAt(index++);\r
 529         if (hiddenColumn > region[1])\r
 530         {\r
 531           result -= region[1] + 1 - region[0];\r
 532         }\r
 533       } while ((hiddenColumn > region[1]) && (index < hiddenColumns.size()));\r
 534       if (hiddenColumn > region[0] && hiddenColumn < region[1])\r
 535       {\r
 536         return region[0] + hiddenColumn - result;\r
 537       }\r
 538     }\r
 539     return result; // return the shifted position after removing hidden columns.\r
 540   }\r
 541 \r
 542   /**\r
 543    * Use this method to determine where the next hiddenRegion starts\r
 544    */\r
 545   public int findHiddenRegionPosition(int hiddenRegion)\r
 546   {\r
 547     int result = 0;\r
 548     if (hiddenColumns != null)\r
 549     {\r
 550       int index = 0;\r
 551       int gaps = 0;\r
 552       do\r
 553       {\r
 554         int[] region = (int[]) hiddenColumns.elementAt(index);\r
 555         if (hiddenRegion == 0)\r
 556         {\r
 557           return region[0];\r
 558         }\r
 559 \r
 560         gaps += region[1] + 1 - region[0];\r
 561         result = region[1] + 1;\r
 562         index++;\r
 563       } while (index < hiddenRegion + 1);\r
 564 \r
 565       result -= gaps;\r
 566     }\r
 567 \r
 568     return result;\r
 569   }\r
 570 \r
 571   /**\r
 572    * THis method returns the rightmost limit of a region of an alignment with\r
 573    * hidden columns. In otherwords, the next hidden column.\r
 574    * \r
 575    * @param index\r
 576    *          int\r
 577    */\r
 578   public int getHiddenBoundaryRight(int alPos)\r
 579   {\r
 580     if (hiddenColumns != null)\r
 581     {\r
 582       int index = 0;\r
 583       do\r
 584       {\r
 585         int[] region = (int[]) hiddenColumns.elementAt(index);\r
 586         if (alPos < region[0])\r
 587         {\r
 588           return region[0];\r
 589         }\r
 590 \r
 591         index++;\r
 592       } while (index < hiddenColumns.size());\r
 593     }\r
 594 \r
 595     return alPos;\r
 596 \r
 597   }\r
 598 \r
 599   /**\r
 600    * This method returns the leftmost limit of a region of an alignment with\r
 601    * hidden columns. In otherwords, the previous hidden column.\r
 602    * \r
 603    * @param index\r
 604    *          int\r
 605    */\r
 606   public int getHiddenBoundaryLeft(int alPos)\r
 607   {\r
 608     if (hiddenColumns != null)\r
 609     {\r
 610       int index = hiddenColumns.size() - 1;\r
 611       do\r
 612       {\r
 613         int[] region = (int[]) hiddenColumns.elementAt(index);\r
 614         if (alPos > region[1])\r
 615         {\r
 616           return region[1];\r
 617         }\r
 618 \r
 619         index--;\r
 620       } while (index > -1);\r
 621     }\r
 622 \r
 623     return alPos;\r
 624 \r
 625   }\r
 626 \r
 627   public void hideSelectedColumns()\r
 628   {\r
 629     while (size() > 0)\r
 630     {\r
 631       int column = ((Integer) getSelected().firstElement()).intValue();\r
 632       hideColumns(column);\r
 633     }\r
 634 \r
 635   }\r
 636 \r
 637   public void hideColumns(int start, int end)\r
 638   {\r
 639     if (hiddenColumns == null)\r
 640     {\r
 641       hiddenColumns = new Vector();\r
 642     }\r
 643 \r
 644     boolean added = false;\r
 645     boolean overlap = false;\r
 646 \r
 647     for (int i = 0; i < hiddenColumns.size(); i++)\r
 648     {\r
 649       int[] region = (int[]) hiddenColumns.elementAt(i);\r
 650       if (start <= region[1] && end >= region[0])\r
 651       {\r
 652         hiddenColumns.removeElementAt(i);\r
 653         overlap = true;\r
 654         break;\r
 655       }\r
 656       else if (end < region[0] && start < region[0])\r
 657       {\r
 658         hiddenColumns.insertElementAt(new int[]\r
 659         { start, end }, i);\r
 660         added = true;\r
 661         break;\r
 662       }\r
 663     }\r
 664 \r
 665     if (overlap)\r
 666     {\r
 667       hideColumns(start, end);\r
 668     }\r
 669     else if (!added)\r
 670     {\r
 671       hiddenColumns.addElement(new int[]\r
 672       { start, end });\r
 673     }\r
 674 \r
 675   }\r
 676 \r
 677   /**\r
 678    * This method will find a range of selected columns around the column\r
 679    * specified\r
 680    * \r
 681    * @param res\r
 682    *          int\r
 683    */\r
 684   public void hideColumns(int col)\r
 685   {\r
 686     // First find out range of columns to hide\r
 687     int min = col, max = col + 1;\r
 688     while (contains(min))\r
 689     {\r
 690       removeElement(min);\r
 691       min--;\r
 692     }\r
 693 \r
 694     while (contains(max))\r
 695     {\r
 696       removeElement(max);\r
 697       max++;\r
 698     }\r
 699 \r
 700     min++;\r
 701     max--;\r
 702     if (min > max)\r
 703     {\r
 704       min = max;\r
 705     }\r
 706 \r
 707     hideColumns(min, max);\r
 708   }\r
 709 \r
 710   public void revealAllHiddenColumns()\r
 711   {\r
 712     if (hiddenColumns != null)\r
 713     {\r
 714       for (int i = 0; i < hiddenColumns.size(); i++)\r
 715       {\r
 716         int[] region = (int[]) hiddenColumns.elementAt(i);\r
 717         for (int j = region[0]; j < region[1] + 1; j++)\r
 718         {\r
 719           addElement(j);\r
 720         }\r
 721       }\r
 722     }\r
 723 \r
 724     hiddenColumns = null;\r
 725   }\r
 726 \r
 727   public void revealHiddenColumns(int res)\r
 728   {\r
 729     for (int i = 0; i < hiddenColumns.size(); i++)\r
 730     {\r
 731       int[] region = (int[]) hiddenColumns.elementAt(i);\r
 732       if (res == region[0])\r
 733       {\r
 734         for (int j = region[0]; j < region[1] + 1; j++)\r
 735         {\r
 736           addElement(j);\r
 737         }\r
 738 \r
 739         hiddenColumns.removeElement(region);\r
 740         break;\r
 741       }\r
 742     }\r
 743     if (hiddenColumns.size() == 0)\r
 744     {\r
 745       hiddenColumns = null;\r
 746     }\r
 747   }\r
 748 \r
 749   public boolean isVisible(int column)\r
 750   {\r
 751     if (hiddenColumns != null)\r
 752       for (int i = 0; i < hiddenColumns.size(); i++)\r
 753       {\r
 754         int[] region = (int[]) hiddenColumns.elementAt(i);\r
 755         if (column >= region[0] && column <= region[1])\r
 756         {\r
 757           return false;\r
 758         }\r
 759       }\r
 760 \r
 761     return true;\r
 762   }\r
 763 \r
 764   /**\r
 765    * Copy constructor\r
 766    * \r
 767    * @param copy\r
 768    */\r
 769   public ColumnSelection(ColumnSelection copy)\r
 770   {\r
 771     if (copy != null)\r
 772     {\r
 773       if (copy.selected != null)\r
 774       {\r
 775         selected = new Vector();\r
 776         for (int i = 0, j = copy.selected.size(); i < j; i++)\r
 777         {\r
 778           selected.addElement(copy.selected.elementAt(i));\r
 779         }\r
 780       }\r
 781       if (copy.hiddenColumns != null)\r
 782       {\r
 783         hiddenColumns = new Vector(copy.hiddenColumns.size());\r
 784         for (int i = 0, j = copy.hiddenColumns.size(); i < j; i++)\r
 785         {\r
 786           int[] rh, cp;\r
 787           rh = (int[]) copy.hiddenColumns.elementAt(i);\r
 788           if (rh != null)\r
 789           {\r
 790             cp = new int[rh.length];\r
 791             System.arraycopy(rh, 0, cp, 0, rh.length);\r
 792             hiddenColumns.addElement(cp);\r
 793           }\r
 794         }\r
 795       }\r
 796     }\r
 797   }\r
 798 \r
 799   /**\r
 800    * ColumnSelection\r
 801    */\r
 802   public ColumnSelection()\r
 803   {\r
 804   }\r
 805 \r
 806   public String[] getVisibleSequenceStrings(int start, int end,\r
 807           SequenceI[] seqs)\r
 808   {\r
 809     int i, iSize = seqs.length;\r
 810     String selection[] = new String[iSize];\r
 811     if (hiddenColumns != null && hiddenColumns.size() > 0)\r
 812     {\r
 813       for (i = 0; i < iSize; i++)\r
 814       {\r
 815         StringBuffer visibleSeq = new StringBuffer();\r
 816         Vector regions = getHiddenColumns();\r
 817 \r
 818         int blockStart = start, blockEnd = end;\r
 819         int[] region;\r
 820         int hideStart, hideEnd;\r
 821 \r
 822         for (int j = 0; j < regions.size(); j++)\r
 823         {\r
 824           region = (int[]) regions.elementAt(j);\r
 825           hideStart = region[0];\r
 826           hideEnd = region[1];\r
 827 \r
 828           if (hideStart < start)\r
 829           {\r
 830             continue;\r
 831           }\r
 832 \r
 833           blockStart = Math.min(blockStart, hideEnd + 1);\r
 834           blockEnd = Math.min(blockEnd, hideStart);\r
 835 \r
 836           if (blockStart > blockEnd)\r
 837           {\r
 838             break;\r
 839           }\r
 840 \r
 841           visibleSeq.append(seqs[i].getSequence(blockStart, blockEnd));\r
 842 \r
 843           blockStart = hideEnd + 1;\r
 844           blockEnd = end;\r
 845         }\r
 846 \r
 847         if (end > blockStart)\r
 848         {\r
 849           visibleSeq.append(seqs[i].getSequence(blockStart, end));\r
 850         }\r
 851 \r
 852         selection[i] = visibleSeq.toString();\r
 853       }\r
 854     }\r
 855     else\r
 856     {\r
 857       for (i = 0; i < iSize; i++)\r
 858       {\r
 859         selection[i] = seqs[i].getSequenceAsString(start, end);\r
 860       }\r
 861     }\r
 862 \r
 863     return selection;\r
 864   }\r
 865 \r
 866   /**\r
 867    * return all visible segments between the given start and end boundaries\r
 868    * \r
 869    * @param start\r
 870    *          (first column inclusive from 0)\r
 871    * @param end\r
 872    *          (last column - not inclusive)\r
 873    * @return int[] {i_start, i_end, ..} where intervals lie in\r
 874    *         start<=i_start<=i_end<end\r
 875    */\r
 876   public int[] getVisibleContigs(int start, int end)\r
 877   {\r
 878     if (hiddenColumns != null && hiddenColumns.size() > 0)\r
 879     {\r
 880       Vector visiblecontigs = new Vector();\r
 881       Vector regions = getHiddenColumns();\r
 882 \r
 883       int vstart = start;\r
 884       int[] region;\r
 885       int hideStart, hideEnd;\r
 886 \r
 887       for (int j = 0; vstart < end && j < regions.size(); j++)\r
 888       {\r
 889         region = (int[]) regions.elementAt(j);\r
 890         hideStart = region[0];\r
 891         hideEnd = region[1];\r
 892 \r
 893         if (hideEnd < vstart)\r
 894         {\r
 895           continue;\r
 896         }\r
 897         if (hideStart > vstart)\r
 898         {\r
 899           visiblecontigs.addElement(new int[]\r
 900           { vstart, hideStart - 1 });\r
 901         }\r
 902         vstart = hideEnd + 1;\r
 903       }\r
 904 \r
 905       if (vstart < end)\r
 906       {\r
 907         visiblecontigs.addElement(new int[]\r
 908         { vstart, end - 1 });\r
 909       }\r
 910       int[] vcontigs = new int[visiblecontigs.size() * 2];\r
 911       for (int i = 0, j = visiblecontigs.size(); i < j; i++)\r
 912       {\r
 913         int[] vc = (int[]) visiblecontigs.elementAt(i);\r
 914         visiblecontigs.setElementAt(null, i);\r
 915         vcontigs[i * 2] = vc[0];\r
 916         vcontigs[i * 2 + 1] = vc[1];\r
 917       }\r
 918       visiblecontigs.removeAllElements();\r
 919       return vcontigs;\r
 920     }\r
 921     else\r
 922     {\r
 923       return new int[]\r
 924       { start, end - 1 };\r
 925     }\r
 926   }\r
 927 \r
 928   /**\r
 929    * delete any columns in alignmentAnnotation that are hidden (including\r
 930    * sequence associated annotation).\r
 931    * \r
 932    * @param alignmentAnnotation\r
 933    */\r
 934   public void makeVisibleAnnotation(AlignmentAnnotation alignmentAnnotation)\r
 935   {\r
 936     makeVisibleAnnotation(-1, -1, alignmentAnnotation);\r
 937   }\r
 938 \r
 939   /**\r
 940    * delete any columns in alignmentAnnotation that are hidden (including\r
 941    * sequence associated annotation).\r
 942    * \r
 943    * @param start\r
 944    *          remove any annotation to the right of this column\r
 945    * @param end\r
 946    *          remove any annotation to the left of this column\r
 947    * @param alignmentAnnotation\r
 948    *          the annotation to operate on\r
 949    */\r
 950   public void makeVisibleAnnotation(int start, int end,\r
 951           AlignmentAnnotation alignmentAnnotation)\r
 952   {\r
 953     if (alignmentAnnotation.annotations == null)\r
 954     {\r
 955       return;\r
 956     }\r
 957     if (start == end && end == -1)\r
 958     {\r
 959       start = 0;\r
 960       end = alignmentAnnotation.annotations.length;\r
 961     }\r
 962     if (hiddenColumns != null && hiddenColumns.size() > 0)\r
 963     {\r
 964       // then mangle the alignmentAnnotation annotation array\r
 965       Vector annels = new Vector();\r
 966       Annotation[] els = null;\r
 967       Vector regions = getHiddenColumns();\r
 968       int blockStart = start, blockEnd = end;\r
 969       int[] region;\r
 970       int hideStart, hideEnd, w = 0;\r
 971 \r
 972       for (int j = 0; j < regions.size(); j++)\r
 973       {\r
 974         region = (int[]) regions.elementAt(j);\r
 975         hideStart = region[0];\r
 976         hideEnd = region[1];\r
 977 \r
 978         if (hideStart < start)\r
 979         {\r
 980           continue;\r
 981         }\r
 982 \r
 983         blockStart = Math.min(blockStart, hideEnd + 1);\r
 984         blockEnd = Math.min(blockEnd, hideStart);\r
 985 \r
 986         if (blockStart > blockEnd)\r
 987         {\r
 988           break;\r
 989         }\r
 990 \r
 991         annels.addElement(els = new Annotation[blockEnd - blockStart]);\r
 992         System.arraycopy(alignmentAnnotation.annotations, blockStart, els,\r
 993                 0, els.length);\r
 994         w += els.length;\r
 995         blockStart = hideEnd + 1;\r
 996         blockEnd = end;\r
 997       }\r
 998 \r
 999       if (end > blockStart)\r
1000       {\r
1001         annels.addElement(els = new Annotation[end - blockStart + 1]);\r
1002         if ((els.length + blockStart) <= alignmentAnnotation.annotations.length)\r
1003         {\r
1004           // copy just the visible segment of the annotation row\r
1005           System.arraycopy(alignmentAnnotation.annotations, blockStart,\r
1006                   els, 0, els.length);\r
1007         }\r
1008         else\r
1009         {\r
1010           // copy to the end of the annotation row\r
1011           System.arraycopy(alignmentAnnotation.annotations, blockStart,\r
1012                   els, 0,\r
1013                   (alignmentAnnotation.annotations.length - blockStart));\r
1014         }\r
1015         w += els.length;\r
1016       }\r
1017       if (w == 0)\r
1018         return;\r
1019       Enumeration e = annels.elements();\r
1020       alignmentAnnotation.annotations = new Annotation[w];\r
1021       w = 0;\r
1022       while (e.hasMoreElements())\r
1023       {\r
1024         Annotation[] chnk = (Annotation[]) e.nextElement();\r
1025         System.arraycopy(chnk, 0, alignmentAnnotation.annotations, w,\r
1026                 chnk.length);\r
1027         w += chnk.length;\r
1028       }\r
1029     }\r
1030     else\r
1031     {\r
1032       alignmentAnnotation.restrict(start, end);\r
1033     }\r
1034   }\r
1035 \r
1036   /**\r
1037    * Invert the column selection from first to end-1. leaves hiddenColumns\r
1038    * untouched (and unselected)\r
1039    * \r
1040    * @param first\r
1041    * @param end\r
1042    */\r
1043   public void invertColumnSelection(int first, int width)\r
1044   {\r
1045     boolean hasHidden = hiddenColumns != null && hiddenColumns.size() > 0;\r
1046     for (int i = first; i < width; i++)\r
1047     {\r
1048       if (contains(i))\r
1049       {\r
1050         removeElement(i);\r
1051       }\r
1052       else\r
1053       {\r
1054         if (!hasHidden || isVisible(i))\r
1055         {\r
1056           addElement(i);\r
1057         }\r
1058       }\r
1059     }\r
1060   }\r
1061 \r
1062   /**\r
1063    * add in any unselected columns from the given column selection, excluding\r
1064    * any that are hidden.\r
1065    * \r
1066    * @param colsel\r
1067    */\r
1068   public void addElementsFrom(ColumnSelection colsel)\r
1069   {\r
1070     if (colsel != null && colsel.size() > 0)\r
1071     {\r
1072       Enumeration e = colsel.getSelected().elements();\r
1073       while (e.hasMoreElements())\r
1074       {\r
1075         Object eo = e.nextElement();\r
1076         if (hiddenColumns != null && isVisible(((Integer) eo).intValue()))\r
1077         {\r
1078           if (!selected.contains(eo))\r
1079           {\r
1080             selected.addElement(eo);\r
1081           }\r
1082         }\r
1083       }\r
1084     }\r
1085   }\r
1086 \r
1087   /**\r
1088    * set the selected columns the given column selection, excluding any columns\r
1089    * that are hidden.\r
1090    * \r
1091    * @param colsel\r
1092    */\r
1093   public void setElementsFrom(ColumnSelection colsel)\r
1094   {\r
1095     selected = new Vector();\r
1096     if (colsel.selected != null && colsel.selected.size() > 0)\r
1097     {\r
1098       if (hiddenColumns != null && hiddenColumns.size() > 0)\r
1099       {\r
1100         // only select visible columns in this columns selection\r
1101         selected = new Vector();\r
1102         addElementsFrom(colsel);\r
1103       }\r
1104       else\r
1105       {\r
1106         // add everything regardless\r
1107         Enumeration en = colsel.selected.elements();\r
1108         while (en.hasMoreElements())\r
1109         {\r
1110           selected.addElement(en.nextElement());\r
1111         }\r
1112       }\r
1113     }\r
1114   }\r
1115 \r
1116   /**\r
1117    * Add gaps into the sequences aligned to profileseq under the given\r
1118    * AlignmentView\r
1119    * \r
1120    * @param profileseq\r
1121    * @param al - alignment to have gaps inserted into it\r
1122    * @param input - alignment view where sequence corresponding to profileseq is first entry\r
1123    * @return new Column selection for new alignment view, with insertions into profileseq marked as hidden.\r
1124    */\r
1125   public static ColumnSelection propagateInsertions(SequenceI profileseq,\r
1126           Alignment al, AlignmentView input)\r
1127   {\r
1128     int profsqpos=0;\r
1129     \r
1130 //    return propagateInsertions(profileseq, al, )\r
1131     char gc = al.getGapCharacter();\r
1132     Object[] alandcolsel = input.getAlignmentAndColumnSelection(gc);\r
1133     ColumnSelection nview = (ColumnSelection) alandcolsel[1];\r
1134     SequenceI origseq = ((SequenceI[]) alandcolsel[0])[profsqpos];\r
1135     nview.propagateInsertions(profileseq,\r
1136             al, origseq);\r
1137     return nview;\r
1138   }\r
1139   /**\r
1140    * \r
1141    * @param profileseq - sequence in al which corresponds to origseq \r
1142    * @param al - alignment which is to have gaps inserted into it\r
1143    * @param origseq - sequence corresponding to profileseq which defines gap map for modifying al\r
1144    */\r
1145   public void propagateInsertions(SequenceI profileseq, AlignmentI al, SequenceI origseq)\r
1146   {\r
1147     char gc = al.getGapCharacter();\r
1148     // recover mapping between sequence's non-gap positions and positions \r
1149     // mapping to view.\r
1150     pruneDeletions(ShiftList\r
1151             .parseMap(origseq\r
1152                     .gapMap())); \r
1153     int[] viscontigs = getVisibleContigs(0, profileseq.getLength());\r
1154     int spos = 0;\r
1155     int offset = 0;\r
1156     // input.pruneDeletions(ShiftList.parseMap(((SequenceI[])\r
1157     // alandcolsel[0])[0].gapMap()))\r
1158     // add profile to visible contigs\r
1159     for (int v = 0; v < viscontigs.length; v += 2)\r
1160     {\r
1161       if (viscontigs[v] > spos)\r
1162       {\r
1163         StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
1164         for (int s = 0, ns = viscontigs[v] - spos; s < ns; s++)\r
1165         {\r
1166           sb.append(gc);\r
1167         }\r
1168         for (int s = 0, ns = al.getHeight(); s < ns; s++)\r
1169         {\r
1170           SequenceI sqobj = al.getSequenceAt(s);\r
1171           if (sqobj != profileseq)\r
1172           {\r
1173             String sq = al.getSequenceAt(s).getSequenceAsString();\r
1174             if (sq.length() <= spos + offset)\r
1175             {\r
1176               // pad sequence\r
1177               int diff = spos + offset - sq.length() - 1;\r
1178               if (diff > 0)\r
1179               {\r
1180                 // pad gaps\r
1181                 sq = sq + sb;\r
1182                 while ((diff = spos + offset - sq.length() - 1) > 0)\r
1183                 {\r
1184                   //sq = sq\r
1185                   //        + ((diff >= sb.length()) ? sb.toString() : sb\r
1186                   //                .substring(0, diff));\r
1187                   if (diff>=sb.length()) {\r
1188                     sq+=sb.toString();\r
1189                   } else {\r
1190                     char[] buf = new char[diff];\r
1191                     sb.getChars(0, diff, buf, 0);\r
1192                     sq+=buf.toString();\r
1193                   }\r
1194                 }\r
1195               }\r
1196               sq += sb.toString();\r
1197             }\r
1198             else\r
1199             {\r
1200               al.getSequenceAt(s).setSequence(\r
1201                       sq.substring(0, spos + offset) + sb.toString()\r
1202                               + sq.substring(spos + offset));\r
1203             }\r
1204           }\r
1205         }\r
1206         // offset+=sb.length();\r
1207       }\r
1208       spos = viscontigs[v + 1] + 1;\r
1209     }\r
1210     if ((offset + spos) < profileseq.getLength())\r
1211     {\r
1212       // pad the final region with gaps.\r
1213       StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
1214       for (int s = 0, ns = profileseq.getLength() - spos - offset; s < ns; s++)\r
1215       {\r
1216         sb.append(gc);\r
1217       }\r
1218       for (int s = 0, ns = al.getHeight(); s < ns; s++)\r
1219       {\r
1220         SequenceI sqobj = al.getSequenceAt(s);\r
1221         if (sqobj==profileseq)\r
1222         {\r
1223           continue;\r
1224         }\r
1225         String sq = sqobj.getSequenceAsString();\r
1226         // pad sequence\r
1227         int diff = origseq.getLength() - sq.length();\r
1228         while (diff > 0)\r
1229         {\r
1230           //sq = sq\r
1231           //        + ((diff >= sb.length()) ? sb.toString() : sb\r
1232           //                .substring(0, diff));\r
1233           if (diff>=sb.length()) {\r
1234             sq+=sb.toString();\r
1235           } else {\r
1236             char[] buf = new char[diff];\r
1237             sb.getChars(0, diff, buf, 0);\r
1238             sq+=buf.toString();\r
1239           }\r
1240           diff = origseq.getLength() - sq.length();\r
1241         }\r
1242       }\r
1243     }\r
1244   }\r
1245 }\r