src/jalview/datamodel/ContactListImpl.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import java.awt.Color;
   4
   5 import jalview.renderer.ContactGeometry.contactInterval;
   6
   7 /**
   8  * helper class to compute min/max/mean for a range on a contact list
   9  *
  10  * @author jprocter
  11  *
  12  */
  13 public class ContactListImpl implements ContactListI
  14 {
  15   ContactListProviderI clist;
  16
  17   public static ContactListI newContactList(ContactListProviderI list)
  18   {
  19     return new ContactListImpl(list);
  20   }
  21
  22   public ContactListImpl(ContactListProviderI list)
  23   {
  24     clist = list;
  25   }
  26
  27   @Override
  28   public int getPosition()
  29   {
  30     return clist.getPosition();
  31   }
  32
  33   @Override
  34   public double getContactAt(int column)
  35   {
  36     return clist.getContactAt(column);
  37   }
  38
  39   @Override
  40   public int getContactHeight()
  41   {
  42     return clist.getContactHeight();
  43   }
  44
  45   @Override
  46   public ContactRange getRangeFor(int from_column, int to_column)
  47   {
  48     // TODO: consider caching ContactRange for a particular call ?
  49     if (clist instanceof ContactListI)
  50     {
  51       // clist may implement getRangeFor in a more efficient way, so use theirs
  52       return ((ContactListI) clist).getRangeFor(from_column, to_column);
  53     }
  54     if (from_column < 0)
  55     {
  56       from_column = 0;
  57     }
  58     if (to_column >= getContactHeight())
  59     {
  60       to_column = getContactHeight()-1;
  61     }
  62     ContactRange cr = new ContactRange();
  63     cr.setFrom_column(from_column);
  64     cr.setTo_column(to_column);
  65     double tot = 0;
  66     for (int i = from_column; i <= to_column; i++)
  67     {
  68       double contact = getContactAt(i);
  69       tot += contact;
  70       if (i == from_column)
  71       {
  72         cr.setMin(contact);
  73         cr.setMax(contact);
  74         cr.setMinPos(i);
  75         cr.setMaxPos(i);
  76       }
  77       else
  78       {
  79         if (cr.getMax() < contact)
  80         {
  81           cr.setMax(contact);
  82           cr.setMaxPos(i);
  83         }
  84         if (cr.getMin() < contact)
  85         {
  86           cr.setMin(contact);
  87           cr.setMinPos(i);
  88         }
  89       }
  90     }
  91     if (tot > 0 && to_column>from_column)
  92     {
  93       cr.setMean(tot / (1 + to_column - from_column));
  94     }
  95     else
  96     {
  97       cr.setMean(tot);
  98     }
  99     return cr;
 100   }
 101
 102   @Override
 103   public int[] getMappedPositionsFor(int cStart, int cEnd)
 104   {
 105     return clist.getMappedPositionsFor(cStart, cEnd);
 106   }
 107
 108   @Override
 109   public Color getColourForGroup()
 110   {
 111     return clist.getColourForGroup();
 112   }
 113 }