src/jalview/datamodel/ContactMapHolder.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import java.util.Collection;
   4 import java.util.Collections;
   5 import java.util.HashMap;
   6 import java.util.Map;
   7
   8 import jalview.ws.datamodel.MappableContactMatrixI;
   9
  10 public class ContactMapHolder implements ContactMapHolderI
  11 {
  12
  13   Map<Object, ContactMatrixI> contactmaps = new HashMap<>();
  14
  15   @Override
  16   public Collection<ContactMatrixI> getContactMaps()
  17   {
  18     if (contactmaps != null && contactmaps.size() > 0)
  19     {
  20       return contactmaps.values();
  21     }
  22     return Collections.EMPTY_LIST;
  23   }
  24
  25   @Override
  26   public ContactListI getContactListFor(AlignmentAnnotation _aa, int column)
  27   {
  28     ContactMatrixI cm = contactmaps.get(_aa.annotationId);
  29     if (cm == null)
  30     {
  31       return null;
  32     }
  33     if (cm instanceof MappableContactMatrixI)
  34     {
  35       if (_aa.sequenceRef != null)
  36       {
  37         return ((MappableContactMatrixI) cm)
  38                 .getMappableContactList(_aa.sequenceRef, column);
  39       }
  40     }
  41     // TODO: could resolve sequence position to column position here
  42     // TODO: what about for complexes - where contactMatrix may involve two or
  43     // more sequences
  44     return cm.getContactList(column);
  45   }
  46
  47   @Override
  48   public AlignmentAnnotation addContactList(ContactMatrixI cm)
  49   {
  50
  51     AlignmentAnnotation aa = new AlignmentAnnotation(cm.getAnnotLabel(),
  52             cm.getAnnotDescr(), new Annotation[0]);
  53     aa.graph = AlignmentAnnotation.CONTACT_MAP;
  54     aa.graphMin = cm.getMin();
  55     aa.graphMax = cm.getMax();
  56     aa.editable = false;
  57     aa.calcId = cm.getType();
  58
  59     contactmaps.put(aa.annotationId, cm);
  60     // TODO: contact matrices could be intra or inter - more than one refseq
  61     // possible!
  62     if (cm instanceof MappableContactMatrixI)
  63     {
  64       aa.setSequenceRef(((MappableContactMatrixI) cm).getReferenceSeq());
  65     }
  66     return aa;
  67   }
  68
  69   @Override
  70   public ContactMatrixI getContactMatrixFor(AlignmentAnnotation ann)
  71   {
  72     return contactmaps == null ? null : contactmaps.get(ann.annotationId);
  73   }
  74
  75   @Override
  76   public void addContactListFor(AlignmentAnnotation annotation,
  77           ContactMatrixI cm)
  78   {
  79     // update annotation with data from contact map
  80     annotation.graphMin = cm.getMin();
  81     annotation.graphMax = cm.getMax();
  82     annotation.editable = false;
  83     annotation.graph = AlignmentAnnotation.CONTACT_MAP;
  84     annotation.calcId = cm.getType();
  85     if (annotation.label == null || "".equals(annotation.label))
  86     {
  87       annotation.label = cm.getAnnotLabel();
  88
  89     }
  90     if (annotation.description == null || "".equals(annotation.description))
  91     {
  92       annotation.description = cm.getAnnotDescr();
  93     }
  94     contactmaps.put(annotation.annotationId, cm);
  95   }
  96 }