src/jalview/datamodel/ContactMapHolderI.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import java.util.Collection;
   4
   5 public interface ContactMapHolderI
   6 {
   7   /**
   8    * resolve a contact list instance (if any) associated with the annotation row
   9    * and column position
  10    *
  11    * @param _aa
  12    * @param column
  13    * @return
  14    */
  15   ContactListI getContactListFor(AlignmentAnnotation _aa, int column);
  16
  17   AlignmentAnnotation addContactList(ContactMatrixI cm);
  18
  19   Collection<ContactMatrixI> getContactMaps();
  20
  21   public ContactMatrixI getContactMatrixFor(AlignmentAnnotation ann);
  22
  23   void addContactListFor(AlignmentAnnotation annotation, ContactMatrixI cm);
  24
  25 }