src/jalview/datamodel/ContactMatrix.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import jalview.ws.params.InvalidArgumentException;
   4
   5 import java.awt.Color;
   6 import java.util.ArrayList;
   7 import java.util.List;
   8
   9 public class ContactMatrix implements ContactMatrixI
  10 {
  11   /**
  12    * are contacts reflexive ?
  13    */
  14   boolean symmetric = true;
  15
  16   public ContactMatrix(boolean symmetric)
  17   {
  18     this.symmetric = symmetric;
  19   }
  20
  21   List<List<Float>> contacts = null;
  22
  23   int width = 0, numcontacts = 0;
  24
  25   float min = 0f, max = 0f;
  26
  27   public void addContact(int left, int right, float strength)
  28   {
  29     if (left < 0 || right < 0)
  30     {
  31       throw new Error(new InvalidArgumentException(
  32               "Cannot have negative indices for contact left=" + left
  33                       + " right=" + right + " strength=" + strength));
  34     }
  35     if (symmetric)
  36     {
  37       if (left > right)
  38       {
  39         // swap
  40         int r = right;
  41         right = left;
  42         left = r;
  43       }
  44     }
  45     if (contacts == null)
  46     {
  47       // TODO: use sparse list for efficiency ?
  48       contacts = new ArrayList<List<Float>>();
  49     }
  50     List<Float> clist = contacts.get(left);
  51     if (clist == null)
  52     {
  53       clist = new ArrayList<Float>();
  54       contacts.set(left, clist);
  55     }
  56     Float last = clist.set(right, strength);
  57     // TODO: if last is non null, may need to recompute range
  58     checkBounds(strength);
  59     if (last == null)
  60     {
  61       numcontacts++;
  62     }
  63   }
  64
  65   private void checkBounds(float strength)
  66   {
  67     if (min > strength)
  68     {
  69       min = strength;
  70     }
  71     if (max < strength)
  72     {
  73       max = strength;
  74     }
  75   }
  76
  77   Color minColor = Color.white, maxColor = Color.magenta;
  78
  79   Color shadeFor(float value)
  80   {
  81     return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour(value, 0,
  82             Color.white, max, Color.magenta);
  83   }
  84   @Override
  85   public ContactListI getContactList(final int column)
  86   {
  87     if (column < 0 || column >= width)
  88     {
  89       return null;
  90     }
  91     return new ContactListI()
  92     {
  93       int p = column;
  94
  95       @Override
  96       public Color getColorForScore(int column)
  97       {
  98
  99         return shadeFor((float) getContactAt(column));
 100       }
 101
 102       @Override
 103       public Color getColorForRange(int i, int j)
 104       {
 105         double contc;
 106         double v = 0;
 107         for (int r=i;r<j;r++)
 108         {
 109           contc = getContactAt(r);
 110           if (contc != contc)
 111           {
 112             v += contc;
 113           }
 114         }
 115         // average for moment - probably more interested in maxIntProj though
 116         return shadeFor(((float) v) / (j - i + 1));
 117       }
 118
 119       @Override
 120       public int getColumnWidth()
 121       {
 122         return 1;
 123       }
 124
 125       @Override
 126       public int getContactHeight()
 127       {
 128         return width;
 129
 130       }
 131
 132       @Override
 133       public double getContactAt(int column)
 134       {
 135         List<Float> clist;
 136         Float cl = null;
 137         if (symmetric)
 138         {
 139           if (p < column)
 140           {
 141             clist = contacts.get(p);
 142             cl = clist.get(column);
 143           }
 144           else
 145           {
 146             clist = contacts.get(column);
 147             cl = clist.get(p);
 148           }
 149         }
 150         else
 151         {
 152           clist = contacts.get(p);
 153           cl = clist.get(column);
 154         }
 155         if (cl == null)
 156         {
 157           // return 0 not NaN ?
 158           return Double.NaN;
 159         }
 160         return cl.doubleValue();
 161       }
 162     };
 163   }
 164
 165 }