src/jalview/datamodel/DBRefEntry.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import jalview.api.DBRefEntryI;
  24
  25 import java.util.Arrays;
  26
  27 public class DBRefEntry implements DBRefEntryI
  28 {
  29   String source = "", version = "", accessionId = "";
  30
  31   /**
  32    * maps from associated sequence to the database sequence's coordinate system
  33    */
  34   Mapping map = null;
  35
  36   public DBRefEntry()
  37   {
  38
  39   }
  40
  41   public DBRefEntry(String source, String version, String accessionId)
  42   {
  43     this(source, version, accessionId, null);
  44   }
  45
  46   /**
  47    *
  48    * @param source
  49    *          canonical source (uppercase only)
  50    * @param version
  51    *          (source dependent version string)
  52    * @param accessionId
  53    *          (source dependent accession number string)
  54    * @param map
  55    *          (mapping from local sequence numbering to source accession
  56    *          numbering)
  57    */
  58   public DBRefEntry(String source, String version, String accessionId,
  59           Mapping map)
  60   {
  61     this.source = source.toUpperCase();
  62     this.version = version;
  63     this.accessionId = accessionId;
  64     this.map = map;
  65   }
  66
  67   public DBRefEntry(DBRefEntryI entry)
  68   {
  69     this((entry.getSource() == null ? "" : new String(entry.getSource())),
  70             (entry.getVersion() == null ? "" : new String(
  71                     entry.getVersion())),
  72             (entry.getAccessionId() == null ? "" : new String(
  73                     entry.getAccessionId())),
  74             (entry.getMap() == null ? null : new Mapping(entry.getMap())));
  75   }
  76
  77   @Override
  78   public boolean equals(Object o)
  79   {
  80     // TODO should also override hashCode to ensure equal objects have equal
  81     // hashcodes
  82     if (o == null || !(o instanceof DBRefEntry))
  83     {
  84       return false;
  85     }
  86     DBRefEntry entry = (DBRefEntry) o;
  87     if (entry == this)
  88     {
  89       return true;
  90     }
  91     if (equalRef(entry)
  92             && ((map == null && entry.map == null) || (map != null
  93                     && entry.map != null && map.equals(entry.map))))
  94     {
  95       return true;
  96     }
  97     return false;
  98   }
  99
 100   /**
 101    * Answers true if this object is either equivalent to, or can be 'improved'
 102    * by, the given entry. Specifically, answers true if
 103    * <ul>
 104    * <li>source and accession are identical (ignoring case)</li>
 105    * <li>version is identical (ignoring case), or this version is of the format
 106    * "someSource:0", in which case the version for the other entry replaces it</li>
 107    * <li>mappings are not compared but if this entry has no mapping, replace
 108    * with that for the other entry</li>
 109    * </ul>
 110    *
 111    * @param other
 112    * @return
 113    */
 114   @Override
 115   public boolean updateFrom(DBRefEntryI other)
 116   {
 117     if (other == null)
 118     {
 119       return false;
 120     }
 121     if (other == this)
 122     {
 123       return true;
 124     }
 125
 126     /*
 127      * source must either match or be both null
 128      */
 129     String otherSource = other.getSource();
 130     if ((source == null && otherSource != null)
 131             || (source != null && otherSource == null)
 132             || (source != null && !source.equalsIgnoreCase(otherSource)))
 133     {
 134       return false;
 135     }
 136
 137     /*
 138      * accession id must either match or be both null
 139      */
 140     String otherAccession = other.getAccessionId();
 141     if ((accessionId == null && otherAccession != null)
 142             || (accessionId != null && otherAccession == null)
 143             || (accessionId != null && !accessionId
 144                     .equalsIgnoreCase(otherAccession)))
 145     {
 146       return false;
 147     }
 148
 149     /*
 150      * if my version is null, "0" or "source:0" then replace with other version,
 151      * otherwise the versions have to match
 152      */
 153     String otherVersion = other.getVersion();
 154
 155     if ((version == null || version.equals("0") || version.endsWith(":0"))
 156             && otherVersion != null)
 157     {
 158       setVersion(otherVersion);
 159     }
 160     else
 161     {
 162       if (version != null
 163               && (otherVersion == null || !version
 164                       .equalsIgnoreCase(otherVersion)))
 165       {
 166         return false;
 167       }
 168     }
 169
 170     /*
 171      * if I have no mapping, take that of the other dbref
 172      */
 173     if (map == null)
 174     {
 175       setMap(other.getMap());
 176     }
 177     return true;
 178   }
 179
 180   /**
 181    * test for similar DBRef attributes, except for the map object.
 182    *
 183    * @param entry
 184    * @return true if source, accession and version are equal with those of entry
 185    */
 186   @Override
 187   public boolean equalRef(DBRefEntryI entry)
 188   {
 189     // TODO is this method and equals() not needed?
 190     if (entry == null)
 191     {
 192       return false;
 193     }
 194     if (entry == this)
 195     {
 196       return true;
 197     }
 198     if (entry != null
 199             && (source != null && entry.getSource() != null && source
 200                     .equalsIgnoreCase(entry.getSource()))
 201             && (accessionId != null && entry.getAccessionId() != null && accessionId
 202                     .equalsIgnoreCase(entry.getAccessionId()))
 203             && (version != null && entry.getVersion() != null && version
 204                     .equalsIgnoreCase(entry.getVersion())))
 205     {
 206       return true;
 207     }
 208     return false;
 209   }
 210
 211   @Override
 212   public String getSource()
 213   {
 214     return source;
 215   }
 216
 217   @Override
 218   public String getVersion()
 219   {
 220     return version;
 221   }
 222
 223   @Override
 224   public String getAccessionId()
 225   {
 226     return accessionId;
 227   }
 228
 229   @Override
 230   public void setAccessionId(String accessionId)
 231   {
 232     this.accessionId = accessionId;
 233   }
 234
 235   @Override
 236   public void setSource(String source)
 237   {
 238     this.source = source;
 239   }
 240
 241   @Override
 242   public void setVersion(String version)
 243   {
 244     this.version = version;
 245   }
 246
 247   @Override
 248   public Mapping getMap()
 249   {
 250     return map;
 251   }
 252
 253   /**
 254    * @param map
 255    *          the map to set
 256    */
 257   public void setMap(Mapping map)
 258   {
 259     this.map = map;
 260   }
 261
 262   public boolean hasMap()
 263   {
 264     return map != null;
 265   }
 266
 267   /**
 268    *
 269    * @return source+":"+accessionId
 270    */
 271   public String getSrcAccString()
 272   {
 273     return ((source != null) ? source : "") + ":"
 274             + ((accessionId != null) ? accessionId : "");
 275   }
 276
 277   @Override
 278   public String toString()
 279   {
 280     return getSrcAccString();
 281   }
 282
 283   @Override
 284   public boolean isPrimary()
 285   {
 286     /*
 287      * if a map is present, unless it is 1:1 and has no SequenceI mate, it cannot be a primary reference.
 288      */
 289     if (map != null)
 290     {
 291       if (map.getTo() != null)
 292       {
 293         return false;
 294       }
 295       if (map.getMap().getFromRatio() != map.getMap().getToRatio()
 296               || map.getMap().getFromRatio() != 1)
 297       {
 298         return false;
 299       }
 300       // check map is really 1:1, no shifts allowed.
 301       if (map.getMap().getFromHighest() != map.getMap().getToHighest()
 302               && map.getMap().getFromLowest() != map.getMap().getToLowest()
 303               && !Arrays.equals(
 304                       map.getMap().getFromRanges().toArray(new int[0][]),
 305                       map.getMap().getToRanges().toArray(new int[0][])))
 306       {
 307         return false;
 308       }
 309     }
 310     if (version == null)
 311     {
 312       // no version string implies the reference has not been verified at all.
 313       return false;
 314     }
 315     // tricky - this test really needs to search the sequence's set of dbrefs to
 316     // see if there is a primary reference that derived this reference.
 317     String ucv = version.toUpperCase();
 318     for (String primsrc : Arrays.asList(DBRefSource.allSources()))
 319     {
 320       if (ucv.startsWith(primsrc.toUpperCase()))
 321       {
 322         // by convention, many secondary references inherit the primary
 323         // reference's
 324         // source string as a prefix for any version information from the
 325         // secondary reference.
 326         return false;
 327       }
 328     }
 329     return true;
 330   }
 331 }