src/jalview/datamodel/DBRefSource.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)\r
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.datamodel;\r
  20 /**\r
  21  * Defines internal constants for unambiguous annotation\r
  22  * of DbRefEntry source strings and describing the data\r
  23  * retrieved from external database sources (see jalview.ws.DbSourcProxy)\r
  24  * @author JimP\r
  25  *\r
  26  */\r
  27 public class DBRefSource\r
  28 {\r
  29   /**\r
  30    * UNIPROT Accession Number\r
  31    */\r
  32   public static String UNIPROT = "UNIPROT";\r
  33   /**\r
  34    * UNIPROT Entry Name\r
  35    */\r
  36   public static String UP_NAME = "UNIPROT_NAME";\r
  37   /**\r
  38    * Uniprot Knowledgebase/TrEMBL\r
  39    * as served from EMBL protein products.\r
  40    */\r
  41   public static final String UNIPROTKB = "UniProtKB/TrEMBL";\r
  42   /**\r
  43    * PDB Entry Code\r
  44    */\r
  45   public static String PDB = "PDB";\r
  46   /**\r
  47    * EMBL ID\r
  48    */\r
  49   public static String EMBL = "EMBL";\r
  50   /**\r
  51    * EMBLCDS ID\r
  52    */\r
  53   public static String EMBLCDS = "EMBLCDS";\r
  54   /**\r
  55    * PFAM ID\r
  56    */\r
  57   public static String PFAM = "PFAM";\r
  58   /**\r
  59    * GeneDB ID\r
  60    */\r
  61   public static final String GENEDB = "GeneDB";\r
  62 \r
  63   /**\r
  64    * List of databases whose sequences might have coding regions annotated\r
  65    */\r
  66   public static final String[] DNACODINGDBS = { EMBL, EMBLCDS, GENEDB};\r
  67   public static final String[] CODINGDBS = { EMBLCDS, GENEDB};\r
  68   public static final String[] PROTEINDBS = { UNIPROT, PDB, UNIPROTKB};\r
  69   public static final String[] PROTEINSEQ = { UNIPROT, UNIPROTKB};\r
  70   public static final String[] PROTEINSTR = { PDB };\r
  71   public static final String[] DOMAINDBS = { PFAM };\r
  72   /**\r
  73    * set of unique DBRefSource property constants.\r
  74    * These could be used to reconstruct the above groupings\r
  75    */\r
  76   public static final Object SEQDB = "SQ";\r
  77   /**\r
  78    * database of nucleic acid sequences\r
  79    */\r
  80   public static final Object DNASEQDB = "NASQ";\r
  81   /**\r
  82    * database of amino acid sequences\r
  83    */\r
  84   public static final Object PROTSEQDB = "PROTSQ";\r
  85   /**\r
  86    * database of cDNA sequences\r
  87    */\r
  88   public static final Object CODINGSEQDB = "CODING";\r
  89   /**\r
  90    * database of na sequences with exon annotation\r
  91    */\r
  92   public static final Object DNACODINGSEQDB = "XONCODING";\r
  93   /**\r
  94    * DB returns several sequences associated with a protein domain\r
  95    */\r
  96   public static final Object DOMAINDB = "DOMAIN";\r
  97   /**\r
  98    * DB query can take multiple accession codes concatenated\r
  99    * by a separator. Value of property indicates maximum number of accession codes to send at a time.\r
 100    */\r
 101   public static final Object MULTIACC = "MULTIACC";\r
 102 }\r