src/jalview/datamodel/DBRefSource.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.datamodel;
  20
  21 public class DBRefSource
  22 {
  23   /**
  24    * UNIPROT Accession Number
  25    */
  26   public static String UNIPROT = "UNIPROT";
  27   /**
  28    * UNIPROT Entry Name
  29    */
  30   public static String UP_NAME = "UNIPROT_NAME";
  31   /**
  32    * PDB Entry Code
  33    */
  34   public static String PDB = "PDB";
  35   /**
  36    * EMBL ID
  37    */
  38   public static String EMBL = "EMBL";
  39   /**
  40    * EMBLCDS ID
  41    */
  42   public static String EMBLCDS = "EMBLCDS";
  43   /**
  44    * PFAM ID
  45    */
  46   public static String PFAM = "PFAM";
  47   /**
  48    * List of databases whose sequences might have coding regions annotated
  49    */
  50   public static final String[] DNACODINGDBS = { EMBL, EMBLCDS};
  51 }