javadoc
[jalview.git] / src / jalview / datamodel / DBRefSource.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
4  *
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
8  * of the License, or (at your option) any later version.
9  *
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
13  * GNU General Public License for more details.
14  *
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
16  * along with this program; if not, write to the Free Software
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
18  */
19 package jalview.datamodel;
20
21 public class DBRefSource
22 {
23   /**
24    * UNIPROT Accession Number
25    */
26   public static String UNIPROT = "UNIPROT";
27   /**
28    * UNIPROT Entry Name
29    */
30   public static String UP_NAME = "UNIPROT_NAME";
31   /**
32    * PDB Entry Code
33    */
34   public static String PDB = "PDB";
35   /**
36    * EMBL ID
37    */
38   public static String EMBL = "EMBL";
39   /**
40    * EMBLCDS ID
41    */
42   public static String EMBLCDS = "EMBLCDS";
43   /**
44    * PFAM ID
45    */
46   public static String PFAM = "PFAM";
47   /**
48    * List of databases whose sequences might have coding regions annotated
49    */
50   public static final String[] DNACODINGDBS = { EMBL, EMBLCDS};
51 }