src/jalview/datamodel/DBRefSource.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 /**
  24  * Defines internal constants for unambiguous annotation of DbRefEntry source
  25  * strings and describing the data retrieved from external database sources (see
  26  * jalview.ws.DbSourcProxy) <br/>
  27  * TODO: replace with ontology to allow recognition of particular attributes
  28  * (e.g. protein coding, alignment (ortholog db, paralog db, domain db),
  29  * genomic, transcriptomic, 3D structure providing (PDB, MODBASE, etc) ..).
  30  *
  31  * @author JimP
  32  *
  33  */
  34 public class DBRefSource
  35 {
  36   /**
  37    * UNIPROT Accession Number
  38    */
  39   public static String UNIPROT = "UNIPROT";
  40
  41   /**
  42    * UNIPROT Entry Name
  43    */
  44   public static String UP_NAME = "UNIPROT_NAME".toUpperCase();
  45
  46   /**
  47    * Uniprot Knowledgebase/TrEMBL as served from EMBL protein products.
  48    */
  49   public static final String UNIPROTKB = "UniProtKB/TrEMBL".toUpperCase();
  50
  51   public static final String EMBLCDSProduct = "EMBLCDSProtein"
  52           .toUpperCase();
  53
  54   /**
  55    * PDB Entry Code
  56    */
  57   public static String PDB = "PDB";
  58
  59   /**
  60    * mmCIF Entry Code
  61    */
  62   public static String MMCIF = "mmCIF";
  63
  64   /**
  65    * EMBL ID
  66    */
  67   public static String EMBL = "EMBL";
  68
  69   /**
  70    * EMBLCDS ID
  71    */
  72   public static String EMBLCDS = "EMBLCDS";
  73
  74   /**
  75    * PFAM ID
  76    */
  77   public static String PFAM = "PFAM";
  78
  79   /**
  80    * RFAM ID
  81    */
  82   public static String RFAM = "RFAM";
  83
  84   /**
  85    * GeneDB ID
  86    */
  87   public static final String GENEDB = "GeneDB".toUpperCase();
  88
  89   /**
  90    * Ensembl
  91    */
  92   public static final String ENSEMBL = "ENSEMBL";
  93
  94   public static final String ENSEMBLGENOMES = "ENSEMBLGENOMES";
  95
  96   /**
  97    * List of databases whose sequences might have coding regions annotated
  98    */
  99   public static final String[] DNACODINGDBS = { EMBL, EMBLCDS, GENEDB,
 100       ENSEMBL };
 101
 102   public static final String[] CODINGDBS = { EMBLCDS, GENEDB, ENSEMBL };
 103
 104   public static final String[] PROTEINDBS = { UNIPROT, PDB, UNIPROTKB,
 105       EMBLCDSProduct, ENSEMBL }; // Ensembl ENSP* entries are protein
 106 }