JAL-972 workaround for working out source URL for pre DAS 1.6 sources.
[jalview.git] / src / jalview / datamodel / DBRefSource.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  * \r
5  * This file is part of Jalview.\r
6  * \r
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
10  * \r
11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
15  * \r
16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
17  */\r
18 package jalview.datamodel;\r
19 \r
20 /**\r
21  * Defines internal constants for unambiguous annotation of DbRefEntry source\r
22  * strings and describing the data retrieved from external database sources (see\r
23  * jalview.ws.DbSourcProxy)\r
24  * \r
25  * @author JimP\r
26  * \r
27  */\r
28 public class DBRefSource\r
29 {\r
30   /**\r
31    * UNIPROT Accession Number\r
32    */\r
33   public static String UNIPROT = "UNIPROT";\r
34 \r
35   /**\r
36    * UNIPROT Entry Name\r
37    */\r
38   public static String UP_NAME = "UNIPROT_NAME";\r
39 \r
40   /**\r
41    * Uniprot Knowledgebase/TrEMBL as served from EMBL protein products.\r
42    */\r
43   public static final String UNIPROTKB = "UniProtKB/TrEMBL";\r
44 \r
45   /**\r
46    * PDB Entry Code\r
47    */\r
48   public static String PDB = "PDB";\r
49 \r
50   /**\r
51    * EMBL ID\r
52    */\r
53   public static String EMBL = "EMBL";\r
54 \r
55   /**\r
56    * EMBLCDS ID\r
57    */\r
58   public static String EMBLCDS = "EMBLCDS";\r
59 \r
60   /**\r
61    * PFAM ID\r
62    */\r
63   public static String PFAM = "PFAM";\r
64   \r
65   /**\r
66    * RFAM ID\r
67    */\r
68   public static String RFAM = "RFAM";\r
69 \r
70   /**\r
71    * GeneDB ID\r
72    */\r
73   public static final String GENEDB = "GeneDB";\r
74 \r
75   /**\r
76    * List of databases whose sequences might have coding regions annotated\r
77    */\r
78   public static final String[] DNACODINGDBS =\r
79   { EMBL, EMBLCDS, GENEDB };\r
80 \r
81   public static final String[] CODINGDBS =\r
82   { EMBLCDS, GENEDB };\r
83 \r
84   public static final String[] PROTEINDBS =\r
85   { UNIPROT, PDB, UNIPROTKB };\r
86 \r
87   public static final String[] PROTEINSEQ =\r
88   { UNIPROT, UNIPROTKB };\r
89 \r
90   public static final String[] PROTEINSTR =\r
91   { PDB };\r
92 \r
93   public static final String[] DOMAINDBS =\r
94   { PFAM, RFAM };\r
95 \r
96   /**\r
97    * set of unique DBRefSource property constants. These could be used to\r
98    * reconstruct the above groupings\r
99    */\r
100   public static final Object SEQDB = "SQ";\r
101 \r
102   /**\r
103    * database of nucleic acid sequences\r
104    */\r
105   public static final Object DNASEQDB = "NASQ";\r
106 \r
107   /**\r
108    * database of amino acid sequences\r
109    */\r
110   public static final Object PROTSEQDB = "PROTSQ";\r
111 \r
112   /**\r
113    * database of cDNA sequences\r
114    */\r
115   public static final Object CODINGSEQDB = "CODING";\r
116 \r
117   /**\r
118    * database of na sequences with exon annotation\r
119    */\r
120   public static final Object DNACODINGSEQDB = "XONCODING";\r
121 \r
122   /**\r
123    * DB returns several sequences associated with a protein/nucleotide domain\r
124    */\r
125   public static final Object DOMAINDB = "DOMAIN";\r
126 \r
127   /**\r
128    * DB query can take multiple accession codes concatenated by a separator.\r
129    * Value of property indicates maximum number of accession codes to send at a\r
130    * time.\r
131    */\r
132   public static final Object MULTIACC = "MULTIACC";\r
133 \r
134   /**\r
135    * DB query returns an alignment for each accession provided.\r
136    */\r
137   public static final Object ALIGNMENTDB = "ALIGNMENTS";\r
138 }\r