RefreshPanels after a colour change
[jalview.git] / src / jalview / datamodel / FeaturePair.java
1 package jalview.datamodel;\r
2 \r
3 import java.util.*;\r
4 \r
5 public class FeaturePair {\r
6   SequenceFeature f1;\r
7   SequenceFeature f2;\r
8 \r
9   public FeaturePair() {\r
10       this.f1 = new SequenceFeature();\r
11       this.f2 = new SequenceFeature();\r
12   }\r
13   public FeaturePair(SequenceFeature f1, SequenceFeature f2) {\r
14     this.f1 = f1;\r
15     this.f2 = f2;\r
16   }\r
17   public void        setQueryFeature(SequenceFeature feature) {\r
18     this.f1 = feature;\r
19   }\r
20   public SequenceFeature getQueryFeature() {\r
21     return f1;\r
22   }\r
23   public void        setHitFeature(SequenceFeature feature) {\r
24     this.f2 = feature;\r
25   }\r
26   public SequenceFeature getHitFeature() {\r
27     return f2;\r
28   }\r
29   public void        setStart(int start) {\r
30     f1.setStart(start);\r
31   }\r
32   public int        getStart() {\r
33     return f1.getStart();\r
34   }\r
35   public void        setEnd(int end) {\r
36     f1.setEnd(end);\r
37   }\r
38   public int        getEnd() {\r
39     return f1.getEnd();\r
40   }\r
41   public void        setStrand(int strand) {\r
42     f1.setStrand(strand);\r
43   }\r
44   public int         getStrand() {\r
45     return f1.getStrand();\r
46   }\r
47   public String      getId() {\r
48     return f1.getId();\r
49   }\r
50   public void setId(String id) {\r
51       f1.setId(id);\r
52   }\r
53   public double      getScore() {\r
54     return f1.getScore();\r
55   }\r
56   public void        setScore(double score) {\r
57     f1.setScore(score);\r
58       f2.setScore(score);\r
59   }\r
60 \r
61   public String      getHitId() {\r
62     return f2.getId();\r
63   }\r
64   public void        setHitId(String name) {\r
65     f2.setId(name);\r
66   }\r
67   public int        getHstart() {\r
68     return f2.getStart();\r
69   }\r
70   public void        setHstart(int start) {\r
71     f2.setStart(start);\r
72   }\r
73   public int        getHend() {\r
74     return f2.getEnd();\r
75   }\r
76   public void        setHend(int end) {\r
77     f2.setEnd(end);\r
78   }\r
79   public void        setHstrand(int strand) {\r
80     f2.setStrand(strand);\r
81   }\r
82   public int         getHstrand() {\r
83     return f2.getStrand();\r
84   }\r
85 \r
86   public double getPValue() {\r
87       return f1.getPValue();\r
88   }\r
89   public void setPValue(double value) {\r
90       f1.setPValue(value);\r
91       f2.setPValue(value);\r
92   }\r
93   public double getPercentId() {\r
94       return f1.getPercentId();\r
95   }\r
96   public void setPercentId(double pid) {\r
97       f1.setPercentId(pid);\r
98       f2.setPercentId(pid);\r
99   }\r
100   \r
101   public void invert() {\r
102     SequenceFeature tmp = f1;\r
103     f1 = f2;\r
104     f2 = tmp;\r
105   }\r
106 \r
107   public String toGFFString() {\r
108       String tmp = f1.toGFFString();\r
109 \r
110       tmp = tmp + "\t" + getHitId() + "\t" + getHstart() + "\t" + getHend() + "\t" + getPValue() + "\t" + getPercentId();\r
111 \r
112       return tmp;\r
113   }\r
114   \r
115   public static void main(String[] args) {\r
116       FeaturePair fp  = new FeaturePair();\r
117   }\r
118 }