src/jalview/datamodel/FeaturePair.java

   1 package jalview.datamodel;\r
   2 \r
   3 import java.util.*;\r
   4 \r
   5 public class FeaturePair {\r
   6   SequenceFeature f1;\r
   7   SequenceFeature f2;\r
   8 \r
   9   public FeaturePair() {\r
  10       this.f1 = new SequenceFeature();\r
  11       this.f2 = new SequenceFeature();\r
  12   }\r
  13   public FeaturePair(SequenceFeature f1, SequenceFeature f2) {\r
  14     this.f1 = f1;\r
  15     this.f2 = f2;\r
  16   }\r
  17   public void        setQueryFeature(SequenceFeature feature) {\r
  18     this.f1 = feature;\r
  19   }\r
  20   public SequenceFeature getQueryFeature() {\r
  21     return f1;\r
  22   }\r
  23   public void        setHitFeature(SequenceFeature feature) {\r
  24     this.f2 = feature;\r
  25   }\r
  26   public SequenceFeature getHitFeature() {\r
  27     return f2;\r
  28   }\r
  29   public void        setStart(int start) {\r
  30     f1.setStart(start);\r
  31   }\r
  32   public int        getStart() {\r
  33     return f1.getStart();\r
  34   }\r
  35   public void        setEnd(int end) {\r
  36     f1.setEnd(end);\r
  37   }\r
  38   public int        getEnd() {\r
  39     return f1.getEnd();\r
  40   }\r
  41   public void        setStrand(int strand) {\r
  42     f1.setStrand(strand);\r
  43   }\r
  44   public int         getStrand() {\r
  45     return f1.getStrand();\r
  46   }\r
  47   public String      getId() {\r
  48     return f1.getId();\r
  49   }\r
  50   public void setId(String id) {\r
  51       f1.setId(id);\r
  52   }\r
  53   public double      getScore() {\r
  54     return f1.getScore();\r
  55   }\r
  56   public void        setScore(double score) {\r
  57     f1.setScore(score);\r
  58       f2.setScore(score);\r
  59   }\r
  60 \r
  61   public String      getHitId() {\r
  62     return f2.getId();\r
  63   }\r
  64   public void        setHitId(String name) {\r
  65     f2.setId(name);\r
  66   }\r
  67   public int        getHstart() {\r
  68     return f2.getStart();\r
  69   }\r
  70   public void        setHstart(int start) {\r
  71     f2.setStart(start);\r
  72   }\r
  73   public int        getHend() {\r
  74     return f2.getEnd();\r
  75   }\r
  76   public void        setHend(int end) {\r
  77     f2.setEnd(end);\r
  78   }\r
  79   public void        setHstrand(int strand) {\r
  80     f2.setStrand(strand);\r
  81   }\r
  82   public int         getHstrand() {\r
  83     return f2.getStrand();\r
  84   }\r
  85 \r
  86   public double getPValue() {\r
  87       return f1.getPValue();\r
  88   }\r
  89   public void setPValue(double value) {\r
  90       f1.setPValue(value);\r
  91       f2.setPValue(value);\r
  92   }\r
  93   public double getPercentId() {\r
  94       return f1.getPercentId();\r
  95   }\r
  96   public void setPercentId(double pid) {\r
  97       f1.setPercentId(pid);\r
  98       f2.setPercentId(pid);\r
  99   }\r
 100   \r
 101   public void invert() {\r
 102     SequenceFeature tmp = f1;\r
 103     f1 = f2;\r
 104     f2 = tmp;\r
 105   }\r
 106 \r
 107   public String toGFFString() {\r
 108       String tmp = f1.toGFFString();\r
 109 \r
 110       tmp = tmp + "\t" + getHitId() + "\t" + getHstart() + "\t" + getHend() + "\t" + getPValue() + "\t" + getPercentId();\r
 111 \r
 112       return tmp;\r
 113   }\r
 114   \r
 115   public static void main(String[] args) {\r
 116       FeaturePair fp  = new FeaturePair();\r
 117   }\r
 118 }