src/jalview/datamodel/FeatureProperties.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 /**
  24  * A set of feature property constants used by jalview
  25  *
  26  * @author JimP
  27  *
  28  */
  29 public class FeatureProperties
  30 {
  31   public static final String EMBL_CODING_FEATURE = "CDS";
  32
  33   public static final String EXONPOS = "exon number";
  34
  35   public static final String EXONPRODUCT = "product";
  36
  37   /**
  38    * lookup feature type for a particular database to see if its a coding region
  39    * feature
  40    *
  41    * @param dbrefsource
  42    * @param string
  43    * @return
  44    */
  45   public static boolean isCodingFeature(String dbrefsource, String type)
  46   {
  47     if (type.equalsIgnoreCase(EMBL_CODING_FEATURE))
  48     {
  49       return (dbrefsource == null
  50               || dbrefsource.equalsIgnoreCase(DBRefSource.EMBL) || dbrefsource
  51                 .equalsIgnoreCase(DBRefSource.EMBLCDS));
  52     }
  53     return false;
  54   }
  55
  56   /**
  57    * Returns the coding feature name for a database source. Currently just
  58    * hard-coded to return CDS for EMBL/EMBLCDS, else null.
  59    *
  60    * @param dbrefsource
  61    * @return
  62    */
  63   public static String getCodingFeature(String dbrefsource)
  64   {
  65     if (DBRefSource.EMBL.equalsIgnoreCase(dbrefsource)
  66             || DBRefSource.EMBLCDS.equalsIgnoreCase(dbrefsource))
  67     {
  68       return EMBL_CODING_FEATURE;
  69     }
  70     return null;
  71   }
  72 }