JAL-3541 removed clover report generation debug flag (utf-8 encoding enforcement...
[jalview.git] / src / jalview / datamodel / FeatureProperties.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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4  * 
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11  *  
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15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.datamodel;
22
23 /**
24  * A set of feature property constants used by jalview
25  * 
26  * @author JimP
27  * 
28  */
29 public class FeatureProperties
30 {
31   public static final String EMBL_CODING_FEATURE = "CDS";
32
33   public static final String EXONPOS = "exon number";
34
35   public static final String EXONPRODUCT = "product";
36
37   /**
38    * lookup feature type for a particular database to see if its a coding region
39    * feature
40    * 
41    * @param dbrefsource
42    * @param string
43    * @return
44    */
45   public static boolean isCodingFeature(String dbrefsource, String type)
46   {
47     if (type.equalsIgnoreCase(EMBL_CODING_FEATURE))
48     {
49       return (dbrefsource == null
50               || dbrefsource.equalsIgnoreCase(DBRefSource.EMBL)
51               || dbrefsource.equalsIgnoreCase(DBRefSource.EMBLCDS));
52     }
53     return false;
54   }
55
56   /**
57    * Returns the coding feature name for a database source. Currently just
58    * hard-coded to return CDS for EMBL/EMBLCDS, else null.
59    * 
60    * @param dbrefsource
61    * @return
62    */
63   public static String getCodingFeature(String dbrefsource)
64   {
65     if (DBRefSource.EMBL.equalsIgnoreCase(dbrefsource)
66             || DBRefSource.EMBLCDS.equalsIgnoreCase(dbrefsource))
67     {
68       return EMBL_CODING_FEATURE;
69     }
70     return null;
71   }
72 }