src/jalview/datamodel/FloatContactMatrix.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 public class FloatContactMatrix extends GroupSetHolder implements ContactMatrixI
   4 {
   5
   6   int maxrow = 0, maxcol = 0;
   7
   8
   9   float[][] elements;
  10
  11   float maxscore;
  12
  13
  14   public FloatContactMatrix(float[][] matrix)
  15   {
  16     maxcol = 0;
  17     for (float[] row : matrix)
  18     {
  19       if (row.length > maxcol)
  20       {
  21         maxcol = row.length;
  22       }
  23       maxscore = row[0];
  24       for (float f : row)
  25       {
  26         if (maxscore < f)
  27         {
  28           maxscore = f;
  29         }
  30       }
  31     }
  32     maxrow = matrix.length;
  33     elements = matrix;
  34   }
  35
  36   public FloatContactMatrix(float[][] elements2, GroupSet grps2)
  37   {
  38     this(elements2);
  39     setGroupSet(grps2);
  40   }
  41
  42   /**
  43    * getContactList(column) @returns the vector of predicted alignment errors
  44    * for reference position given by column
  45    */
  46   @Override
  47   public ContactListI getContactList(final int column)
  48   {
  49     if (column < 0 || column >= elements.length)
  50     {
  51       return null;
  52     }
  53
  54     return new ContactListImpl(new ContactListProviderI()
  55     {
  56       @Override
  57       public int getPosition()
  58       {
  59         return column;
  60       }
  61
  62       @Override
  63       public int getContactHeight()
  64       {
  65         return maxcol - 1;
  66       }
  67
  68       @Override
  69       public double getContactAt(int mcolumn)
  70       {
  71         if (mcolumn < 0 || mcolumn >= elements[column].length)
  72         {
  73           return -1;
  74         }
  75         return elements[column][mcolumn];
  76       }
  77     });
  78   }
  79
  80   /**
  81    * getElementAt(column, i) @returns the predicted superposition error for the
  82    * ith position when column is used as reference
  83    */
  84   @Override
  85   public double getElementAt(int _column, int i)
  86   {
  87     return elements[_column][i];
  88   }
  89
  90   @Override
  91   public float getMin()
  92   {
  93     return 0;
  94   }
  95
  96   @Override
  97   public float getMax()
  98   {
  99     return maxscore;
 100   }
 101
 102   @Override
 103   public String getAnnotDescr()
 104   {
 105     // TODO Auto-generated method stub
 106     return null;
 107   }
 108
 109   @Override
 110   public String getAnnotLabel()
 111   {
 112     // TODO Auto-generated method stub
 113     return null;
 114   }
 115
 116   @Override
 117   public String getType()
 118   {
 119     return null;
 120   }
 121
 122   @Override
 123   public int getWidth()
 124   {
 125     return maxcol;
 126   }
 127
 128   @Override
 129   public int getHeight()
 130   {
 131     return maxrow;
 132   }
 133 }