src/jalview/datamodel/GeneLociI.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import jalview.util.MapList;
   4
   5 /**
   6  * An interface to model one or more contiguous regions on one chromosome
   7  */
   8 public interface GeneLociI
   9 {
  10   /**
  11    * Answers the species identifier
  12    *
  13    * @return
  14    */
  15   String getSpeciesId();
  16
  17   /**
  18    * Answers the reference assembly identifier
  19    *
  20    * @return
  21    */
  22   String getAssemblyId();
  23
  24   /**
  25    * Answers the chromosome identifier e.g. "2", "Y", "II"
  26    *
  27    * @return
  28    */
  29   String getChromosomeId();
  30
  31   /**
  32    * Answers the mapping from sequence to chromosome loci. For a reverse strand
  33    * mapping, the chromosomal ranges will have start > end.
  34    *
  35    * @return
  36    */
  37   MapList getMapping();
  38 }