JAL-3949 fixed failing commandlinetests due to more output and line count limit
[jalview.git] / src / jalview / datamodel / GeneLociI.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.datamodel;
22
23 import jalview.util.MapList;
24
25 /**
26  * An interface to model one or more contiguous regions on one chromosome
27  */
28 public interface GeneLociI
29 {
30   /**
31    * Answers the species identifier
32    * 
33    * @return
34    */
35   String getSpeciesId();
36
37   /**
38    * Answers the reference assembly identifier
39    * 
40    * @return
41    */
42   String getAssemblyId();
43
44   /**
45    * Answers the chromosome identifier e.g. "2", "Y", "II"
46    * 
47    * @return
48    */
49   String getChromosomeId();
50
51   /**
52    * Answers the mapping from sequence to chromosome loci. For a reverse strand
53    * mapping, the chromosomal ranges will have start > end.
54    * 
55    * @return
56    */
57   MapList getMapping();
58 }