src/jalview/datamodel/HMMNode.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import java.util.ArrayList;
   4 import java.util.List;
   5
   6 /**
   7  * stores data for each node in the hmm model
   8  * @author TZVanaalten
   9  *
  10  */
  11 public class HMMNode
  12 {
  13   //contains the match emissions for each symbol
  14   List<Double> matchEmissions = new ArrayList<>();
  15   //contains the insert emissions for each symbol
  16   List<Double> insertEmissions = new ArrayList<>();
  17   //contains the state transitions for each possible transition. These are bm, bi, bd, im, ii, dm and dd in order (0th position in
  18   // the array indicates the probability of a bm transition)
  19   List<Double> stateTransitions = new ArrayList<>();
  20
  21   //annotations
  22   Integer alignmentColumn = null;
  23   char consensusResidue;
  24   char referenceAnnotation;
  25   char maskValue;
  26   char consensusStructure;
  27
  28   public HMMNode()
  29   {
  30   }
  31
  32   public HMMNode(HMMNode node)
  33   {
  34     matchEmissions = new ArrayList<>(node.getMatchEmissions());
  35     insertEmissions = new ArrayList<>(node.getInsertEmissions());
  36     stateTransitions = new ArrayList<>(node.getStateTransitions());
  37     alignmentColumn = new Integer(node.getAlignmentColumn());
  38     consensusResidue = node.getConsensusResidue();
  39     referenceAnnotation = node.getReferenceAnnotation();
  40     maskValue = node.getMaskValue();
  41     consensusStructure = node.getConsensusStructure();
  42   }
  43
  44   public List<Double> getMatchEmissions()
  45   {
  46     return matchEmissions;
  47   }
  48
  49   public void setMatchEmissions(List<Double> matchEmissionsL)
  50   {
  51     this.matchEmissions = matchEmissionsL;
  52   }
  53   public List<Double> getInsertEmissions()
  54   {
  55     return insertEmissions;
  56   }
  57
  58   public void setInsertEmissions(List<Double> insertEmissionsL)
  59   {
  60     this.insertEmissions = insertEmissionsL;
  61   }
  62
  63   public List<Double> getStateTransitions()
  64   {
  65     return stateTransitions;
  66   }
  67
  68   public void setStateTransitions(List<Double> stateTransitionsM)
  69   {
  70     this.stateTransitions = stateTransitionsM;
  71   }
  72
  73   public Integer getAlignmentColumn()
  74   {
  75     return alignmentColumn;
  76   }
  77   public void setAlignmentColumn(int alignmentColumn)
  78   {
  79     this.alignmentColumn = alignmentColumn;
  80   }
  81   public char getConsensusResidue()
  82   {
  83     return consensusResidue;
  84   }
  85   public void setConsensusResidue(char consensusResidue)
  86   {
  87     this.consensusResidue = consensusResidue;
  88   }
  89   public char getReferenceAnnotation()
  90   {
  91     return referenceAnnotation;
  92   }
  93   public void setReferenceAnnotation(char referenceAnnotation)
  94   {
  95     this.referenceAnnotation = referenceAnnotation;
  96   }
  97   public char getMaskValue()
  98   {
  99     return maskValue;
 100   }
 101   public void setMaskValue(char maskValue)
 102   {
 103     this.maskValue = maskValue;
 104   }
 105   public char getConsensusStructure()
 106   {
 107     return consensusStructure;
 108   }
 109   public void setConsensusStructure(char consensusStructure)
 110   {
 111     this.consensusStructure = consensusStructure;
 112   }
 113 }
 114
 115