src/jalview/datamodel/HMMNode.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import java.util.ArrayList;
   4 import java.util.List;
   5
   6 /**
   7  * stores data for each node in the hmm model
   8  * @author TZVanaalten
   9  *
  10  */
  11 public class HMMNode
  12 {
  13   //contains the match emissions for each symbol
  14   List<Double> matchEmissions = new ArrayList<>();
  15   //contains the insert emissions for each symbol
  16   List<Double> insertEmissions = new ArrayList<>();
  17   //contains the state transitions for each possible transition. These are bm, bi, bd, im, ii, dm and dd in order (0th position in
  18   // the array indicates the probability of a bm transition)
  19   List<Double> stateTransitions = new ArrayList<>();
  20
  21   //annotations
  22   Integer alignmentColumn = null;
  23   char consensusResidue;
  24   char referenceAnnotation;
  25   char maskValue;
  26   char consensusStructure;
  27   public List<Double> getMatchEmissions()
  28   {
  29     return matchEmissions;
  30   }
  31
  32   public void setMatchEmissions(List<Double> matchEmissionsL)
  33   {
  34     this.matchEmissions = matchEmissionsL;
  35   }
  36   public List<Double> getInsertEmissions()
  37   {
  38     return insertEmissions;
  39   }
  40
  41   public void setInsertEmissions(List<Double> insertEmissionsL)
  42   {
  43     this.insertEmissions = insertEmissionsL;
  44   }
  45   public List<Double> getStateTransitions()
  46   {
  47     return stateTransitions;
  48   }
  49
  50   public void setStateTransitions(List<Double> stateTransitionsL)
  51   {
  52     this.stateTransitions = stateTransitionsL;
  53   }
  54
  55   public Integer getAlignmentColumn()
  56   {
  57     return alignmentColumn;
  58   }
  59   public void setAlignmentColumn(int alignmentColumn)
  60   {
  61     this.alignmentColumn = alignmentColumn;
  62   }
  63   public char getConsensusResidue()
  64   {
  65     return consensusResidue;
  66   }
  67   public void setConsensusResidue(char consensusResidue)
  68   {
  69     this.consensusResidue = consensusResidue;
  70   }
  71   public char getReferenceAnnotation()
  72   {
  73     return referenceAnnotation;
  74   }
  75   public void setReferenceAnnotation(char referenceAnnotation)
  76   {
  77     this.referenceAnnotation = referenceAnnotation;
  78   }
  79   public char getMaskValue()
  80   {
  81     return maskValue;
  82   }
  83   public void setMaskValue(char maskValue)
  84   {
  85     this.maskValue = maskValue;
  86   }
  87   public char getConsensusStructure()
  88   {
  89     return consensusStructure;
  90   }
  91   public void setConsensusStructure(char consensusStructure)
  92   {
  93     this.consensusStructure = consensusStructure;
  94   }
  95 }
  96
  97