src/jalview/datamodel/HMMNode.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 /**
   4  * stores data for each node in the hmm model
   5  * @author TZVanaalten
   6  *
   7  */
   8 public class HMMNode
   9 {
  10   //contains the match emissions for each symbol
  11   double[] matchEmissions;
  12
  13   //contains the insert emissions for each symbol
  14   double[] insertEmissions;
  15
  16   // contains the state transitions for each possible transition. These are mm,
  17   // mi, md, im, ii, dm and dd in order
  18   double[] stateTransitions;
  19
  20   //annotations
  21   Integer alignmentColumn = null;
  22   char consensusResidue;
  23   char referenceAnnotation;
  24   char maskValue;
  25   char consensusStructure;
  26
  27   /**
  28    * Constructor
  29    */
  30   public HMMNode()
  31   {
  32   }
  33
  34   public double[] getMatchEmissions()
  35   {
  36     return matchEmissions;
  37   }
  38
  39   public double getMatchEmission(int symbolIndex)
  40   {
  41     return matchEmissions[symbolIndex];
  42   }
  43
  44   public void setMatchEmissions(double[] matches)
  45   {
  46     this.matchEmissions = matches;
  47   }
  48
  49   public double[] getInsertEmissions()
  50   {
  51     return insertEmissions;
  52   }
  53
  54   public double getInsertEmission(int symbolIndex)
  55   {
  56     return insertEmissions[symbolIndex];
  57   }
  58
  59   public void setInsertEmissions(double[] insertEmissionsL)
  60   {
  61     this.insertEmissions = insertEmissionsL;
  62   }
  63
  64   public double[] getStateTransitions()
  65   {
  66     return stateTransitions;
  67   }
  68
  69   public double getStateTransition(int transition)
  70   {
  71     return stateTransitions[transition];
  72   }
  73
  74   public void setStateTransitions(double[] stateTransitionsM)
  75   {
  76     this.stateTransitions = stateTransitionsM;
  77   }
  78
  79   public Integer getAlignmentColumn()
  80   {
  81     return alignmentColumn;
  82   }
  83   public void setAlignmentColumn(int alignmentColumn)
  84   {
  85     this.alignmentColumn = alignmentColumn;
  86   }
  87   public char getConsensusResidue()
  88   {
  89     return consensusResidue;
  90   }
  91   public void setConsensusResidue(char consensusResidue)
  92   {
  93     this.consensusResidue = consensusResidue;
  94   }
  95   public char getReferenceAnnotation()
  96   {
  97     return referenceAnnotation;
  98   }
  99   public void setReferenceAnnotation(char referenceAnnotation)
 100   {
 101     this.referenceAnnotation = referenceAnnotation;
 102   }
 103   public char getMaskValue()
 104   {
 105     return maskValue;
 106   }
 107   public void setMaskValue(char maskValue)
 108   {
 109     this.maskValue = maskValue;
 110   }
 111   public char getConsensusStructure()
 112   {
 113     return consensusStructure;
 114   }
 115   public void setConsensusStructure(char consensusStructure)
 116   {
 117     this.consensusStructure = consensusStructure;
 118   }
 119 }
 120
 121