src/jalview/datamodel/HMMNode.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 /**
   4  * stores data for each node in the hmm model
   5  * @author TZVanaalten
   6  *
   7  */
   8 public class HMMNode
   9 {
  10   //contains the match emissions for each symbol
  11   double[] matchEmissions;
  12
  13   //contains the insert emissions for each symbol
  14   double[] insertEmissions;
  15
  16   // contains the state transitions for each possible transition. These are mm,
  17   // mi, md, im, ii, dm and dd in order
  18   double[] stateTransitions;
  19
  20   //annotations
  21   int residueNumber;
  22   char consensusResidue;
  23   char referenceAnnotation;
  24   char maskValue;
  25   char consensusStructure;
  26
  27   /**
  28    * Constructor
  29    */
  30   public HMMNode()
  31   {
  32   }
  33
  34   public double[] getMatchEmissions()
  35   {
  36     return matchEmissions;
  37   }
  38
  39   double getMatchEmission(int symbolIndex)
  40   {
  41     return matchEmissions[symbolIndex];
  42   }
  43
  44   public void setMatchEmissions(double[] matches)
  45   {
  46     this.matchEmissions = matches;
  47   }
  48
  49   public double[] getInsertEmissions()
  50   {
  51     return insertEmissions;
  52   }
  53
  54   double getInsertEmission(int symbolIndex)
  55   {
  56     return insertEmissions[symbolIndex];
  57   }
  58
  59   public void setInsertEmissions(double[] insertEmissionsL)
  60   {
  61     this.insertEmissions = insertEmissionsL;
  62   }
  63
  64   public double[] getStateTransitions()
  65   {
  66     return stateTransitions;
  67   }
  68
  69   double getStateTransition(int transition)
  70   {
  71     return stateTransitions[transition];
  72   }
  73
  74   public void setStateTransitions(double[] stateTransitionsM)
  75   {
  76     this.stateTransitions = stateTransitionsM;
  77   }
  78
  79   int getResidueNumber()
  80   {
  81     return residueNumber;
  82   }
  83   public void setResidueNumber(int resNo)
  84   {
  85     this.residueNumber = resNo;
  86   }
  87
  88   char getConsensusResidue()
  89   {
  90     return consensusResidue;
  91   }
  92   public void setConsensusResidue(char consensusResidue)
  93   {
  94     this.consensusResidue = consensusResidue;
  95   }
  96
  97   char getReferenceAnnotation()
  98   {
  99     return referenceAnnotation;
 100   }
 101   public void setReferenceAnnotation(char referenceAnnotation)
 102   {
 103     this.referenceAnnotation = referenceAnnotation;
 104   }
 105
 106   char getMaskValue()
 107   {
 108     return maskValue;
 109   }
 110   public void setMaskValue(char maskValue)
 111   {
 112     this.maskValue = maskValue;
 113   }
 114
 115   char getConsensusStructure()
 116   {
 117     return consensusStructure;
 118   }
 119   public void setConsensusStructure(char consensusStructure)
 120   {
 121     this.consensusStructure = consensusStructure;
 122   }
 123
 124   /**
 125    * Answers the symbol index of the symbol with the highest match emission
 126    * probability (first symbol in case of a tie). Note this object stores
 127    * probabilities, not the negative logarithms as in the HMM file.
 128    *
 129    * @return
 130    */
 131   int getMaxMatchEmissionIndex()
 132   {
 133     int maxIndex = 0;
 134     double max = 0D;
 135
 136     for (int i = 0; i < matchEmissions.length; i++)
 137     {
 138       if (matchEmissions[i] > max)
 139       {
 140         max = matchEmissions[i];
 141         maxIndex = i;
 142       }
 143     }
 144     return maxIndex;
 145   }
 146 }
 147
 148