src/jalview/datamodel/HMMNode.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import java.util.ArrayList;
   4 import java.util.List;
   5
   6 /**
   7  * stores data for each node in the hmm model
   8  * @author TZVanaalten
   9  *
  10  */
  11 public class HMMNode
  12 {
  13   //contains the match emissions for each symbol
  14   List<Double> matchEmissions = new ArrayList<>();
  15   //contains the insert emissions for each symbol
  16   List<Double> insertEmissions = new ArrayList<>();
  17   //contains the state transitions for each possible transition. These are bm, bi, bd, im, ii, dm and dd in order (0th position in
  18   // the array indicates the probability of a bm transition)
  19   List<Double> stateTransitions = new ArrayList<>();
  20
  21   //annotations
  22   Integer alignmentColumn = null;
  23   char consensusResidue;
  24   char referenceAnnotation;
  25   char maskValue;
  26   char consensusStructure;
  27   public List<Double> getMatchEmissions()
  28   {
  29     return matchEmissions;
  30   }
  31
  32   public void setMatchEmissions(List<Double> matchEmissionsL)
  33   {
  34     this.matchEmissions = matchEmissionsL;
  35   }
  36   public List<Double> getInsertEmissions()
  37   {
  38     return insertEmissions;
  39   }
  40
  41   public void setInsertEmissions(List<Double> insertEmissionsL)
  42   {
  43     this.insertEmissions = insertEmissionsL;
  44   }
  45
  46   public List<Double> getStateTransitions()
  47   {
  48     return stateTransitions;
  49   }
  50
  51   public void setStateTransitions(List<Double> stateTransitionsM)
  52   {
  53     this.stateTransitions = stateTransitionsM;
  54   }
  55
  56   public Integer getAlignmentColumn()
  57   {
  58     return alignmentColumn;
  59   }
  60   public void setAlignmentColumn(int alignmentColumn)
  61   {
  62     this.alignmentColumn = alignmentColumn;
  63   }
  64   public char getConsensusResidue()
  65   {
  66     return consensusResidue;
  67   }
  68   public void setConsensusResidue(char consensusResidue)
  69   {
  70     this.consensusResidue = consensusResidue;
  71   }
  72   public char getReferenceAnnotation()
  73   {
  74     return referenceAnnotation;
  75   }
  76   public void setReferenceAnnotation(char referenceAnnotation)
  77   {
  78     this.referenceAnnotation = referenceAnnotation;
  79   }
  80   public char getMaskValue()
  81   {
  82     return maskValue;
  83   }
  84   public void setMaskValue(char maskValue)
  85   {
  86     this.maskValue = maskValue;
  87   }
  88   public char getConsensusStructure()
  89   {
  90     return consensusStructure;
  91   }
  92   public void setConsensusStructure(char consensusStructure)
  93   {
  94     this.consensusStructure = consensusStructure;
  95   }
  96 }
  97
  98